10 Jahre sind seit der Blockade von Naboo vergangen. 10 Jahre, in denen die Jedi-Ritter damit beschäftigt waren die Interessen der Republik zu vertreten und für Frieden und Ordnung zu sorgen. Immer mehr Sternensysteme haben sich von der Republik unter der Schirmherrschaft einer Separatistenbewegung abgekapselt, welche von dem ehemaligen Jedi-Ritter Count Dooku angeführt wird. Um sich gegen die Separatisten zu wehren, wird im Senat die Aufstellung einer Armee der Republik diskutiert, weswegen Padmè Amidala, jetzt Senatorin von Naboo, nach Coruscant zurückkehrt, um im Senat vorzusprechen.
Kaum ist Padmè auf Coruscant eingetroffen, wird ein Anschlag auf sie verübt, der jedoch "nur" ihrem Double Cordè und ein paar Sicherheitsleuten das Leben kostet. Zu ihrer Sicherheit werden der Jedi-Meister Obi-Wan Kenobi und sein Padawan Anakin Skywalker damit beauftragt, Padmè zu beschützen. In der darauffolgenden Nacht wird ein weiterer Versuch gestartet, Padmè zu töten. Doch diesmal sind die Jedi zur Stelle und nehmen die Verfolgung auf. Ihre Spur führt sie zu dem Wasserplaneten Kamino, auf dem die besten Kloner leben sollen.
Während Obi-Wan nach Kamino reißt, um der Sache weiter nachzugehen, eskortiert Anakin Padmè zurück nach Naboo, wo sie in Sicherheit ist. Auf diesem romantischen Planeten kommen sich die beiden immer näher, doch beschließen sie letztendlich, sich nicht ineinander zu verlieben, da es rational gesehen für beide das Beste sei. Anakin plagen auf Naboo außerdem Albträume von seiner Mutter. Er sieht sie leiden und hat das Gefühl, ihr helfen zu müssen. Deswegen fliegen Padmè und er nach Tatooine, das erste Mal seit 10 Jahren, dass Anakin wieder auf diesen Planeten zurückkehren würde...
Unterdessen hat Obi-Wan die Kloner auf Kamino ausfindig gemacht. Er findet heraus, ein gewisser Jedi-Meister namens Sifo-Dyas vor 10 Jahren eine riesen Klonarmee für die REPUBLIK in Auftrag gegeben hat. Obi-Wan vermutet jedoch, dass Sifo-Dyas zu der Zeit schon nicht mehr am leben war und wundert sich, wozu die Republik damals diese Armee gebraucht hätte. Er erfährt, dass alle Klone einen Gen-Spender haben, den Kopfgeldjäger Jango Fett. Obi-Wan begutachtet die beeindruckende Klonarmee und trifft schließlich auf besagten Kopfgeldjäger. Von ihm erfährt er, dass er für diesen Klon-Job nicht von Sifo-Dyas, sondern von einem gewissen Darth Tyranus rekrutiert wurde. Und was noch wichtiger ist, Jango Fett steckt hinter den Anschlägen auf Padmè Amidala. Nach kurzer Rücksprache mit dem Jedi Orden will er Jango gefangen nehmen und zum Verhör mit nach Coruscant bringen. Doch endet dies in einem harten Zweikampf und Jango kann letztlich entkommen, jedoch nicht bevor Obi-Wan einen Peilsender an seinem Schiff montiert hat.
Auf Tatooine erfährt Anakin von seinem ehemaligen Besitzer Watto, dass dieser seine Mutter Shmi an einen Feuchtfarmer namens Lars verkauft hat. Dieser soll sie frei gelassen und geheiratet haben. Bei den Lars angekommen trifft er C-3PO wieder und erfährt von seinem Halbbruder und Stiefvater, dass Shmi von Tusken Räubern gefangengenommen wurde und dass sie wohl nicht mehr am Leben sei. Anakin spürt jedoch, dass sie noch lebt und macht sich auf die Suche. Er findet Shmi in einem Lager der Tusken in einem grauenvollen Zustand. Sie kann ihm gerade noch sagen, wie sehr sie ihn liebt, bevor sie in seinen Armen stirbt. Vom Hass und von der Trauer getrieben stürmt er aus dem Zelt und metzelt in unkontrollierbarem Zorn jeden einzelnen Tusken nieder.
Obi-Wan hat Jango Fett bis zu dem Planeten Geonosis verfolgt. Dort wird er Zeuge eines unfassbaren Komplotts. Count Dooku hat sich mit der Handelsföderation und weiteren Organisationen zusammengetan und produziert vor Ort eine riesengroße Droidenarmee um damit gegen die Republik zu kämpfen. Diese Neuigkeiten sendet Obi-Wan sofort zu Anakin, welcher seine Hologrammaufzeichnung auch weiter nach Coruscant leiten soll…
Während Shmis Beerdigung kommt R2-D2 herbeigerollt und teilt Anakin mit, er habe eine Nachricht von Obi-Wan erhalten. Dieser konnte die Informationen, die er in Erfahrung gebracht hat gerade noch übermitteln, als er von Droidekas eingekreist und festgenommen wurde. Trotz anders lautender Anweisungen vom Jedi-Rat fliegen Padmè und Anakin nach Geonosis um Obi-Wan zu helfen.
Auf Coruscant wird derweil heftig über die neue Sachlage diskutiert. Es ist klar, dass nur der Oberste Kanzler Palpatine mit Hilfe von Sondervollmachten diese Klonarmee in den Kampf gegen die Separatisten schicken kann. Es ist schließlich Jar Jar, der im Senat diesen Vorschlaf unterbreitet und tatsächlich von der Mehrheit unterstützt wird. Yoda reist sofort nach Kamino um sich die Klone anzusehen, während Mace Windu mit 200 Jedi nach Geonosis aufbricht um Obi-Wan zu befreien.
Count Dooku versucht unterdessen den gefangenen Obi-Wan auf seine Seite zu ziehen, um gegen die Sith und die schwache Republik vorzugehen. Es stellt sich heraus, dass er der frühere Meister von Qui-Gon Jinn, Obi-Wans verstorbenem Mentor war. Da Obi-wan sich davon nicht beeindrucken lässt, erzählt Dooku ihm die ganze Wahrheit. Er erzählt, dass die Republik lange unter dem Einfluß des Sith-Lords Darth Sidious steht und dieser die Herrschaft an sich reißen will. Doch natürlich glaubt ihm Obi-Wan nicht und weigert sich immer noch, sich Dookus Sache anzuschließen.
Auf Geonosis angelangt, werden Anakin und Padmè sehr schnell gefangen genommen und sollen zusammen mit Obi-Wan exekutiert werden. Kurz bevor die beiden in die Exekutionsarena gebracht werden, gesteht Padmè Anakin aufrichtig ihre Liebe zu ihm. Ihr glücklicher Moment dauert jedoch nur kur, da sie schnell in die Arena gebracht werden und von 3 Monstern getötet werden sollen. Doch die drei wissen sich zu helfen und können sich gut gegen die drei Biester zur Wehr setzten, bis zusätzliche Kampfdroiden in die Arena gelassen werden. Doch Hilfe naht. Mace Windu und 200 andere Jedi tauchen auf und eine riesige Schlacht entbrennt, in der viele Jedi ihr Leben lassen müssen. Durch die schiere Überzahl von Droiden sind die restlichen Überlebenden bald eingekreist, doch gerade im richtigen Augenblick taucht Yoda mit der Klonarmee und zig Kanonenbooten auf und rettet die Jedi. Nun bekomm die Schlacht noch größere Ausmaße, dass die Separatisten den Klonen alles entgegen stellen, was sie haben.
Obi-Wan und Anakin verfolgen den fliehenden Anführer der Separatisten, Count Dooku, in einen Hangar, wo es zum finalen Duell kommt. Der aggressive Anakin stürmt sofort auf Dooku los, wird jedoch mit Leichtigkeit außer Gefecht gesetzt. Auch Obi-Wan tut sich gegen die ausgefeilte Fectkunst Dookus schwer und ist unterlegen. Gerade als Dooku Obi-Wan niederstrecken will, kann sich Anakin dazwischen werfen. Aggressiv geht er gegen Dooku vor, doch kann auch er nicht lange Stand halten. Anakin verliert seinen rechten Arm und liegt nun selbst neben dem außer Gefecht gesetzten Obi-Wan. Doch wieder kann Dooku nicht zum Abschluß kommen, denn der Meister überhaupt, Yoda!, kommt und rettet die beiden. Mit Leichtigkeit kann er die Macht-Duelle gegen Dooku bestehen und so bleibt ihnen nichts anderes übrig, als sich mit dem Lichtschwert zu bekämpfen. Yoda ist unbeschreiblich schnell und Dooku hat keine wirkliche Chance gegen den kleinen Jedi. Nur durch einen Trick kann Dooku entkommen, indem er einen Kran auf Anakin und Obi-Wan fallen lässt, den Yoda nun auffangen muß. Dooku entkommt, aber Anakin und Obi-Wan sind gerettet.
Dooku flieht zu einem verlassenen Gebäudedistrikt auf Coruscant. Dort trifft er seinen Meister - Darth Sidious! Alles war genau so geplant, wie es abgelaufen ist. Der Krieg passt genau in den Masterplan von Sidious…
Obi-Wan diskutiert mit Mace Windu und Yoda über die "Wahrheit", die Dooku ihm erzählt hat. Yoda glaubt ihm nicht, jedoch sind sich alle einig, dass sie den Senat im Auge behalten sollten. Yoda hat eine düstere Vision von der Zukunft. Dies war nur der Anfang eines großen Krieges. Begonnen der Klonkrieg hat.
Anakin hat Padmè wieder zurück nach Naboo begleitet, wo sie im Geheimen, nur mit den beiden Droiden C-3PO und R2 als Trauzeugen, heiraten.