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Die Ereignisse, die zum Krieg führten, wurden im Geheimen vom neuen Sith-Orden Darth Krayts in Gang gesetzt. Die Yuuzhan Vong hatten gemeinsam mit den Jedi ein ehrgeiziges Unterfangen gestartet, um die Greueltaten, die sie im Yuuzhan Vong-Krieg den galaktischen Völkern angetan hatten, wieder gut zu machen. Das Ossus-Projekt diente dazu, zerstörte Welten durch neues Terraforming wieder bewohnbar zu machen. Unter der Leitung von Kol Skywalker und Nei Rin war das Projekt zu Beginn Erfolg beschert. Doch Krayts Agenten sabotierten das Projekt, und es entstanden grauenhafte Mutationen auf allen Welten, die mit dem Ossus-Projekt zu tun hatten. Dies gab vielen Völkern und Planeten den Anlaß, den Tod aller Vong zu wünschen, und führte zu einem Bruch innerhalb der galaktischen Allianz. Das Imperium sah die Verwüstungen durch die Vong als Kriegsakt, und stellte ein Ultimatum, dass die Allianz auf Drängen der Jedi zurückwies. Erneut brach ein Krieg mit dem Imperium aus.
Der Krieg verlief, wie es die Sith geplant hatten. Im dritten Kriegsjahr kam es schließlich zur Entscheidungsschlacht über Caamas. Großadmiral Veed kommandierte die imperialen Streitkräfte, auf Seite der Allianz hatte Admiral Gar Stazi das Oberkommando. Das Imperium siegte, doch Admiral Stazi erkämpfte sich mit einem Teil seiner Flotte den Rückzug, was ihn zu einer Legende unter den Imperialen machen sollte. Nach der Schlacht um Caamas war der Krieg praktisch entschieden, da Coruscant schutzlos war, und die galaktische Allianz nichts anderes mehr tun konnte, als ihre Niederlage einzugestehen. Coruscant fiel wieder an das Imperium.
Wenige Tage nach Caamas, griffen die Sith und das Imperium die Jedi-Akademie auf Ossus an. Sie töteten viele Jedi, darunter Kol Skywalker, doch mehr als die Hälfte des Jedi-Ordens konnte sich in Sicherheit bringen. Nach dem Massaker von Ossus erstattete Großadmiral Veed Imperator Fel und dem Moff-Rat Bericht darüber, dass der Jedi-Orden zerschlagen, und der Sith-Imperiale Krieg vorüber war. Im selben Augenblick erschienen Darth Krayt, Darth Maladi, Darth Nihl und Darth Wyyrlok im Thronsaal. Krayt tötete Fel (ein Doppelgänger, wie sich später herausstellte), und ernannte sich, zur Überraschung Morlish Veeds, selbst zum neuen Imperator. Doch der echte Roan Fel und rechtmäßige Imperator entkam, und die Galaxis war erneut gespalten...