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In einer Hinsicht hattet ihr Recht Meister...Die Verhandlungen waren kurz...Eines Tages entsandte Mace Windu Qui-Gon und Obi-Wan nach Naboo, wo sie in einem Konflikt vermitteln sollten. An Bord des Droidenkontrollschiffes der Handelsföderation wurden die Jedi angegriffen und konnten in letzter Sekunde fliehen. Kurz darauf rettete Qui-Gon einem merkwürdigen Gungan namens Jar-Jar Binks das Leben, der daraufhin gegenüber dem Jedi den Schwur der Lebensschuld ablegte. Anschließend reisten Obi-Wan und Qui-Gon in die Stadt Theed, wo sie Königin Amidala retteten, die sie dann nach Coruscant eskortierten. Auf ihrer Reise nach Coruscant waren die Königin und ihr Gefolge gezwungen, einen Zwischenstop auf Tatooine einzulegen, wo Qui-Gon einen Jungen namens Anakin Skywalker entdeckte. Er spürte sofort die starke Verbindung des Jungen zur Macht und befreite ihn kurze Zeit später aus der Sklaverei. Außerdem begegnete er einem merkwürdigen Krieger, von dem er vermutete, dass er ein Lord der Sith sei.
Obi-Wan zu Qui-Gon
Ich kann Euch beschützen, aber ich kann keinen Krieg für Euch führen...
-Qui-Gon zu Königin Amidala
Anakin!!! Anakin!!! NEEEEEIIIIN !!!Aber das war nicht das Ende für Qui-Gon Jinn. Jahre zuvor hatte ihm ein Schamane der Whills beigebracht, wie man während des Sterbens mit der Macht eins werden kann, wie man während des Sterbens einen Abdruck seiner selbst hinterlassen kann. Qui-Gon war vielleicht der erste Jedi der dies geschafft hat, leider gelang es ihm nicht, seine körperliche Gestalt zu bewahren, er konnte nur seine körperlose Stimme behalten.
Qui-Gons körperloser Machtgeist während Anakins Tusken-Massaker
Irgendwann schaffte es Qui-Gon den weisen Jedi-Meister Yoda von der „anderen Seite" aus zu kontaktieren. Qui-Gon erläuterte ihm wie man seinen Geist auch nach dem Tode bewahren konnte und schließlich wurdeYoda Qui-Gons dankbarer „Schüler". Am Ende war er sogar davon überzeugt, dass Qui-Gon Jinn der mächtigste aller Jedi geworden war, denn er war es, der den Pfad zu wahrer Unsterblichkeit entdeckt hatte...