Die Klonkriege erschüttern die Galaxis und machen auch vor scheinbar Unbeteiligten nicht halt. Nun ist der Sohn des Verbrecherkönigs Jabba von Unbekannten entführt worden. Da die Republik die von den Hutten kontrollierten Raumrouten für Kriegszwecke nutzen möchte, erklären sich Kanzler Palpatine und der Rat der Jedi bereit, Jabbas Sohn zu finden, um auf diese Weise ein Abkommen mit den Hutten schließen zu können.
Auf dem Planeten Christophsis kämpfen unterdessen Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker gegen eine Übermacht der Separatisten unter ihrem General Loathsome. Nachdem anstatt der versprochenen Verstärkung lediglich die junge Padawanschülerin Ahsoka Tano auf dem Planeten gelandet ist, die der Jedirat Anakin überantwortet hat, wird die Lage der Republiktruppen immer aussichtsloser. Während Anakin und Ahsoka sich nun daranmachen, die Schildgeneratoren zu zerstören, die den Separatisten einen verheerenden Vorteil bieten, hält Obi-Wan dem feindlichen Ansturm stand und beschäftigt nach seiner vorgeblichen Niederlage den Separatistengeneral mit Kapitulationsverhandlungen. Als Anakin und Ahsoka schließlich den Schildgenerator zerstört haben, wendet sich das Blatt, und die Republik erringt den Sieg.
Nun erfahren Obi-Wan, Anakin und Ahsoka von ihrem Auftrag, Jabbas Sohn Rotta zu finden. Obi-Wan soll auf Tatooine mit Jabba direkt verhandeln, während Anakin und Ahsoka auf den Planeten Teth geschickt werden, wo Klonaufklärer Rotta in einem B'omarr-Kloster entdeckt haben. Das Kloster wird allerdings von Kampfdroiden verteidigt, was Anakin und Ahsoka zu einem Sturmangriff zwingt. Nachdem dieser erfolgreich verlaufen ist, dringen sie in das Kloster ein und entdecken in einem Verließ den kleinen Hutten. Unterdessen ist jedoch Dookus Schülerin Asajj Ventress mit weiteren Kampfdroiden angekommen. Dooku hat die Entführung organisiert, um den Klan der Hutten gegen die Republik aufzuwiegeln. Ventress ist nun gekommen, um falsche Beweise für die Schuld der Jedi an Rottas Entführung zu sammeln.
Mit Anakins Truppen macht die dunkle Häscherin kurzen Prozess, woraufhin Anakin Obi-Wan um Verstärkung bittet. Er selbst und Ahsoka können Ventress mit Mühe entkommen und sich in einem Gewürzfrachter nach Tatooine durchschlagen. Mit Obi-Wans Eintreffen wendet sich die Schlacht auf Teth, doch auch wenn seine Armee das Droidenheer besiegen kann, entkommt Ventress dem Jedi-Ritter nach einem intensiv geführten Duell.
Auf dem Planeten Coruscant startet Padmé Amidala inzwischen eine diplomatische Initiative. Sie weiß, dass Jabbas Onkel Ziro der Hutte auf Coruscant residiert. Mit ihm will sie über eine diplomatische Lösung der Krise sprechen und die Raumrouten der Hutten für die Republik sichern. In Ziros Palast wird sie jedoch brüsk abgewiesen. Sie belauscht dabei allerdings ein Gespräch zwischen Ziro und Dooku, wobei sie erfährt, dass Ziro an der Entführung Rottas beteiligt war und ihm von Dooku im Gegenzug Unterstützung bei Ziros Griff nach der Macht über die Hutten versprochen wurde. Bevor Padmé dieses Wissen aber nutzen kann, wird sie von Ziros Wächtern gefangengenommen und eingekerkert. Es gelingt ihr allerdings noch, C-3PO zur Hilfe zu rufen.
Auf Tatooine intrigiert Dooku währenddessen bei Jabba gegen die Jedi. Als er von Anakins Ankunft im System erfährt, entsendet er eine Gruppe Magnadroiden, um die Jedi und Rotta zu töten. Als dies misslingt, macht er sich selbst in die Wüste auf, wo Anakin ihm jedoch nach einem kurzen Duell entkommen kann. Auch Ahsoka besteht ihren Kampf gegen weitere Magnadroiden.
In Jabbas Palast kommt es zur endgültigen Konfrontation zwischen den Jedi und dem von Dookus Lügen beeinflussten Jabba. Doch bevor die Situation gänzlich außer Kontrolle gerät, können von C-3PO herbeigeführte Klontruppen Padmé noch aus Ziros Gefangenschaft auf Coruscant befreien. Padmé nimmt umgehend Kontakt zu Jabba auf und zwingt Ziro zu einem Bekenntnis seiner Schuld. Der drohende Konflikt ist somit abgewendet, und die huttischen Raumrouten sind der Republik sicher. Die Klonkriege allerdings haben gerade erst begonnen.