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Zur gleichen Zeit erhielt der Jedi-Rat auf Coruscant Hinweise über einen möglichen Verräter im Senat. Nach ersten Ermittlungen geriet Senator Clovis unter Verdacht, weshalb die Jedi selbst einen Spion auf Clovis ansetzten um genaueres über die Pläne der Separatisten zu erfahren.
Weil Senatorin Amidala von Naboo und Clovis im gleichen Ausschuss und im gleichen Jahr ihre Arbeit für den Senat begannen und zu dieser Zeit auch eine kurze Liebesbeziehung hatten, die Padmé allerdings abbrach weil sie ihre Arbeit auch weiterhin professionell erledigen wollte, entschieden die Jedi Amidala als Spionin auf Clovis anzusetzen.
Bevor Clovis nach Cato Neimoidia aufbrach lud er Padmé ein ihn zu begleiten, was diese gerne annahm und vorgab einen Neuanfang in den Beziehungen zwischen Naboo und der Handelsföderation anzustreben. Neben Captain Typho nahm auch Anakin Skywalker verkleidet an der Mission teil, um die sicherheit der Senatorin nicht zu gefährden.
Nach ihrer Ankunft auf Cato Neimodia traf sich Clovis mit Poggle und Lott Dod um über die neue Droidenfabrik zu sprechen. Dabei wollte Dod mehr Profit aushandeln, was Clovis allerdings ablehnte da die Neimoidianer bereits zu viele Schulden beim Bankenclan hatten. Als Amidala den Raum betrat konnte sich Poggle zwar schnell genug verstecken, doch um keinen Verdacht zu erregen musste sich Clovis vorläufig um Padmé kümmern.
Nach einem offiziellen Abendessen lud Padmé die Daten der Fabrik von Clovis' Terminal auf eine Disk um damit einen Beweis für dessen Verrat zu haben und übergab sie Anakin.
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Nachdem Padmé durch das Gift von Lott Dod, der Padme bereits vor dem Essen vergiftet hatte, das Bewusstsein verlor, brachte Rush Clovis sie zu ihrem Bett und schickte C-3PO nach einem Med-Droiden. Vor dem Schlafzimmer konfrontierte Clovis Lott Dod, der von der Vergiftung wusste und Amidala als Spion enttarnte.
Anakin brachte Amidala, für die Clovis nach das Gegenmittel besorgt hatte, dann zurück nach Coruscant, wo er dem Jedi-Rat auch die gewonnenen Informationen überreichte.
Als erstes starteten Kenobi und seine Truppen in Richtung Geonosis, ehe dann Ki-Adi-Mundis und letztendlich Skywalkers Soldaten von ihren Angriffsschiffen starteten.
Sobald die ersten republikanischen Kanonenboote in Reichweite waren eröffneten die Geonosianer mit ihren am Boden stationierten Protonen-Kanonen das Feuer. Zudem setzten sie zahlreiche Nantex-Sternjäger mit denen sie die dichte Formation der Kanonenboote angriffen. Aufgrund des dichten Abwehrfeuers wurden schon nach wenigen Minuten die ersten Kanonenboote abgeschossen und die anfliegenden Truppen wurden immer weiter dezimiert.
Auch das Kanonenboot von General Skywalker wurde beim Anflug zum Zielgebiet getroffen und stürzte ab. Doch Skywalker, seine Padawan Ahsoka Tano, Captain Rex und ein Großteil der an Bord befindlichen Trooper überlebte den Absturz und die Klone begannen sofort ihre Stellung zu verteidigen. Allerdings wurde die Position von den Geonosianern schwer beschossen, was es nahezu unmöglich machte vorzurücken.
In der Zwischenzeit wurden auch Ki-Adi-Mundis Truppen von den geonosianischen Sternjägern angegriffen und kurz nachdem Captain Rex Commander Jet über den Absturz ihres Kanonenboots unterrichtete, ebenfalls abgeschossen. Daraufhin befahl Jet Commander Cody seine Truppen sofort abzusetzen, da diese als einzige ohne größere Verluste in die Nähe der Landezone gekommen waren. Cody befolgte den Befehl, ließ seine Truppen landen und postierte seine Kanonenboote und AT-TE in Verteidigungsstellung um diese Position so lange wie möglich zu verteidigen.
Nach seinem Absturz sammelte Mundi die verbliebenen Truppen und rückte mit ihnen zur Landezone vor.
Während Mundi mit seinen Truppen zur Landezone marschierte versuchte Kenobi, trotz Codys Einwände, die vorher geplante Landezone zu erreichen. Wenig später wurde dann auch Kenobis Kanonenboot getroffen und stürzte etwa fünf Klicks von Codys Position entfernt ab. Durch den Absturz wurde Kenobi verwundet und all seine Klonsoldaten, mit Ausnahme von Trapper, kamen ums Leben.
Gleichzeitig war es Skywalker und seinen Truppen gelungen sich aus ihrer Position freizukämpfen und bis zu einem gewaltigen Verteidigungswall der Separatisten vorzurücken. Dort wurden sie von zahlreichen Kampfdroiden und Geschützstellungen unter Beschuss genommen und mussten in Deckung gehen. Während die Klonsoldaten das Feuer erwiderten, nahmen Skywalker und Tano einige Sprengsätze und erklommen mit ihren Seilwerfern den Schutzwall.
Dank der Feuerunterstützung der am Boden gebliebenen Klonkrieger konnten die beiden Jedi sämtliche Kampfdroiden zu vernichten, bevor sie von zwei Droidekas attackiert wurden. Während sie den Beschuss der beiden Droiden abwehrten kam Rex ihnen zur Hilfe. Nachdem die Droidekas zerstört waren, aktivierten sie die Sprengsätze und warfen sie in das innere des Walls. Danach warf Skywalker Rex von der Mauer, ehe er und Tano sprangen. Bevor sie auf den Boden aufschlugen fingen sie ihren Sturz, sowie den von Rex, mit Hilfe der Macht ab. Nachdem der Schutzwall von den Sprengsätzen zerstört worden war rückten sie weiter in Richtung Landezone vor.
Ki-Adi-Mundi und seine Truppen hatten unterdessen eine Stockkolonie der Geonosianer erreicht und wollten sie als Abkürzung nutzen. Kurz nachdem sie den Stock betreten hatten empfing einer der Klone Geräusche die sich wie Flügelschläge anhörten. Unmittelbar danach griffen die Geonosianer erneut an und zerrten die Klonsoldaten in den Stock wo sie sie dann töteten. Trotz der schweren Verluste gelang es Mundi und seinen Trupen sich zum Ausgang der Kolonie vorzukämpfen, wo sie von weiteren geonoasianischen Kriegern angegriffen wurden. Erst als der Jedi die Flammenwerfertruppen in den Kampf schickte konnten die Geonosianer endgültig besiegt werden und die Truppen zum Ausgang der Kolonie vorrücken.
Dort lag auch ein Plateau, von dem aus der Cereaner erstmals das komplette Schlachtfeld überblicken konnte. Von dort aus sah er auch dass sich Skywalkers Truppen ganz in der Nähe befanden und gemeinsam rückten sie dann zu Codys Position vor.
Codys Position drohte inzwischen von den Geonosianern überrannt zu werden. Erst als Admiral Yularen einer Staffel Y-Wing Bombern befahl Luftunterstützung zu leisten konnte diese Position gesichert werden.
Nachdem sich die Reste der Invasionstruppen vereint hatten erarbeiteten die Jedi einen neuen Plan um den Energieschild der Droidenfabrik doch noch zu durchbrechen.
Dazu stürmten Skywalker, Tano und ein Zug Klonsoldaten durch den Schild und durchbrachen so die vorderste Verteidigungslinie der Geonosianern unter schweren Verlusten. Dann gingen Skywalker hinter einem Felswall in Deckung und warfen ihre EMP-Granaten auf die Droiden und Geschütze der Verteidiger. Nachdem diese nutzlos waren rückten die verbliebenen AT-TE vor und zerstörten den Schildgenerator. Jetzt konnte die Republik die Droidenfabrik selbst angreifen.
In der Droidenfabrik informierte TX-21, der Taktik-Droide von Poggle, dass die Fabrik 50 Prozent ihrer Produktionskapazität erreicht habe und zehn Garnisonen Kampfdroiden einsatzbereit waren. Von den neuen Super-Panzern konnten allerdings noch keine größeren Verbände eingesetzt werden. Doch sobald die neuen Panzer einsatzbereit wären, hätte die Republik keine Chance mehr die Fabrik zu zerstören, da es im Arsenal der GAR keine Waffe gab um die Super-Panzer zu zerstören.
Sofort nachdem die republikanischen Einheit entdeckt wurden marschierten zahllose Kampfdroiden aus der Fabrik den Angreifern entgegen. Während die Kampfdroiden frontal angriffen fielen die Geonosianer den Klontruppen in den Rücken.
Da die Kampfdroiden und Geonosianer abgelenkt waren konnten Ahsoka und Barriss durch das Tal unter der Brücke vordringen und betraten, nachdem Barriss ein Loch in die Wand geschnitten hatte, die Katakomben.
An der Oberfläche konnten die Klontruppen und ihre beiden Jedi-Generäle die Kampfdroiden und Geonosianer zurückschlagen und gingen vor der Fabrik in Position. Deswegen befahl Poggle TX-21 die ersten 20 Super-Panzer in die Schlacht zu schicken. Sobald die Panzer die Fabrik verlassen hatten eröffneten die AV-7 Geschütze der Republik das Feuer. Doch da die Super-Panzer durch Energieschilde geschützt waren zeigte der Beschuss keine Wirkung.
Als Ahoska und Barriss den Reaktorraum der Fabrik erreicht hatten platzierten sie mehrere Sprengsätze um den Reaktor zu zerstören. Doch noch bevor sie die Sprengsätze zünden konnten wurden sie von Poggle und TX-21, sowie einigen Geonosianern und einem Super-Panzer gestellt.
An der Oberfläche setzten die Super-Panzer unterdessen ihre Langstrecken-Sprengköpfe ein und zerstörten die republikansichen Geschütze und AT-TEs. Dadurch wurden die Jedi und ihre Truppen gezwungen den Angriff abzubrechen und in Deckung zu gehen.
Unterdessen befahl Poggle die Sprengsätze einzusammeln und die beiden Jedi zu töten. Während der Super-Panzer angriff warf Ahsoka einen Sprengsatz, der auf der Hülle des Panzers haften blieb und wenig später explodierte. Die Explosion zerstörte zwar TX-21, doch der Super-Panzer trug keine nennenswerten Schäden davon und griff weiter an. Als Ahsoka versuchte die Geonosianer am Einsammeln der Sprengsätze zu hindern wurde sie von diesen bewusstlos geschlagen, ehe die Geonosianer den Reaktorraum verließen.
Währenddessen hangelten Unduli und Skywalker unter der Brücke, auf der die Super-Panzer Position bezogen hatten, entlang und legten dort einige Sprengsätze. Am Ende zündeten sie diese, wodurch die Brücke einstürzte und die Super-Panzer mit in die Tiefe riss.