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Einige Wochen nach der Schlacht um Geonosis erreichten den Jedi-Rat Hinweise über einen bevorstehenden Angriff auf Bothawui, welches loyal zur Republik stand. Um den Planeten, und die Spionagenetzwerke der Bothaner, zu verteidigen entsandte die Republik drei Venator-Sternenzerstörer unter dem Kommando von Anakin Skywalker und seiner Padawan Ahsoka Tano.
Auf ihrem Weg nach Bothawui wurde Skywalkers Kampfgruppe immer wieder von General Grievous' Flotte, bestehend aus vier Fregatten der Munificent-Klasse, angegriffen. Zwar konnte Skywalker Girevous' Angriffe in drei unterschiedlichen Gefechten abwehren, doch mit der Zeit stiegen auch die Verluste der Republik.
Schließlich stellte Grievous die Angriffe ein und attackierte stattdessen andere republikanische Streitkräfte an unterschiedlichen Fronten. Bald darauf beschloss Grievous Falleen einzunehmen und nahm dazu zwei weitere Fregatten in seine Flotte.
Nach seiner Ankunft bei Falleen griff Grievous sofort die dort stationierten republikanischen Truppen an. Dabei unterstützten Hyena-Klasse Bomber die Invasion während die Bodentruppen mit C-9979 Landungsschiffen angelandet wurden. Auf der Oberfläche wurden die Kampfdroiden nur vom Schutzschild der königlichen Festung aufgehalten, ansonsten stand ganz Falleen unter Kontrolle der KUS.
Neben den Bodentruppen waren auch Count Dooku und Asajj Ventress auf Falleen gelandet. Dooku plante Ventress gegen die Leibwachen des Königs kämpfen zu lassen um den König so aus dem Palast zu locken. Anschließend wollte er selbst in die Festung eindringen und den König stellen.
Als der König sah, dass Ventress in die Festung eingedrungen war entsandte der König seine Dashade-Leibwächter um sie um töten. Doch Ventress konnte die Angriffe der Leibwächter abwehren und gewann schließlich die Oberhand.
Nachdem Ventress entdeckte, dass der König die Kämpfe mittels eines Droiden verfolgt hatte zerstörte sie diesen, damit der König aus dem Palast floh und direkt in die Hände von Count Dooku lief. Doch der König bewaffnete sich mit einem Blaster und verließ das Kommandozentrum um Ventress zu töten. Nachdem sie den letzten Leibwächter eliminiert hatte betrat der König das Schlachtfeld und bedrohte Ventress.
Daraufhin trat Dooku, der inzwischen die Festung betreten hatte, hinter den König, aktivierte sein Lichtschwert und befahl ihm den Schild zu deaktivieren sowie der Konföderation Unabhängiger Systeme beizutreten.
Nach der Schlacht um Falleen begab sich Grievous zum Bothawui-System um dort Skywalkers Kampfgruppe zu vernichten. Dieser wurde inzwischen von Obi-Wan Kenobi über den Verlust Falleens informiert und sollte sich zurückziehen. Doch Skywalker weigerte sich den Planeten schutzlos zurückzulassen und entwickelte stattdessen einen Plan um Bothawui zu verteidigen.
Dazu postierte er die AT-TE seiner Bodentruppen auf den Asteroiden eines nahe gelegenen Asteroidenfelds und wartete auf Grievous Flotte.
In der folgenden Schlacht um Bothawui konnten die republikanischen Truppen dann die komplette Flotte der Separatisten zerstören und Grievous in die Flucht schlagen...