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Nachdem die Naboo-Wachen während der Klonkriege eine Patrouille der Separatisten überfallen hatten, brachten sie deren Taktik-Droiden nach Theed um ihn dort auszuwerten.
Neben Königin Neeyutne und Captain Typho waren auch Senatorin Amidala und Jar Jar Binks dabei als C-3PO den Droiden befragte. Im Verlauf der Befragung erfuhren die Anwesenden dass es auf Naboo, seit der Invasion des Planeten, ein geheimes Labor gab und Jar Jar Binks entdeckte zudem am Kopf des Droiden einen Faulkäfer der nur in den östlichen Sümpfen lebte.
Während Padmé und Jar Jar in die östlichen Sümpfe reisten um nach dem Labor zu suchen, doch die beiden wurden von Nuvo Vindis Kampfdroiden überrascht und gefangen genommen. Allerdings konnte Padme zuvor noch den Standort des Labors nach Theed übermitteln.
Nach dem Verschwinden der Senatorin wurden Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker, Ahsoka Tano und ein Zug der 501. Legion geschickt um Padmé zu befreien. Dank Padmés Daten konnten die Truppen den Standort des Labors recht leicht finden.
Vor dem eigentlichen Angriff warfen die Kanonenboote einige Thermaldetonatoren ab und sprengten den Klonsoldaten so den Weg ins Innere des Komplexes frei. Danach seilten sich die Trooper, gefolgt von den Jedi, ab und stürmten das Labor.
Während der Mission sollte Ahsoka versuchen die Kampfdroiden, die das Labor verteidigten auszuschalten während Anakin und Obi-Wan nach dem Blauschattenvirus suchen würden.
Als Nuvo Vindi die näherkommenden Explosionen hörte und kurz darauf Anakin Skywalker erschien, befahl er dem Jedi und dessen Soldaten die Waffen niederzulegen. Anschließend folterte er seine Gefangenen um den Jedi abzulenken damit er selbst fliehen konnte.
Direkt nach Vindis Flucht griff Anakin sein Lichtschwert, zerstörte alle Kampfdroiden in der Nähe und befreite Padme und Jar Jar. Daraufhin verfolgte er den flüchtenden Wissenschaftler zu einer Landeplattform. Gleichzeitig aktivierte Vindi den Countdown der Virusbomben, mit denen er den Blauschattenvirus im Labor, und letztendlich auch auf dem gesamten Planeten, aussetzen wollte.
Als später auch Obi-Wan und Anakin die Landeplattform erreichten und auf ihn zu sprangen warf er mehrere Kapsel, welche ebenfalls den Blauschattenvirus enthielten, auf die Jedi um diese aufzuhalten. Doch Obi-Wan konnte alle Kapseln auffangen und schließlich stellte Anakin Vindi auf der Plattform.
Noch bevor er Vindi gefangen nehmen konnte schlug Peppi Bow, eine Shaak-Hirtin deren Herde vom Blauschattenvirus getötet wurde, den Professor nieder.
Nach seiner Gefangennahme erklärte Vindi dass die Republik keinesfalls gesiegt hatte da er die Virusbomben aktiviert hatte und diese bald den Virus freisetzen würden. Doch die Klonsoldaten konnten die Virusbomben im letzten Augenblick entschärfen.
Danach wollten Anakin und Obi-Wan Vindi zurück nach Theed bringen. Aber als sie sich entfernten sprengte sich Nuvo Vindis Assistenzdroide in die Luft und setzte dadurch doch noch den Blauschattenvirus frei. Um ein ungewolltes Entweichen des Virus zu verhindern, aktivierte sich das Notfallsystem des Labors und schloss Padme, Jar Jar, Ahsoka und die Klonsoldaten im Inneren ein.
Deswegen reisten die beiden Jedi noch Iego um dort nach dem Gegenmittel für den Virus zu suchen. Unterdessen versuchten die wenigen verbliebenen Kampfdroiden die versiegelten Ausgänge aufzuschneiden um den Virus doch noch auf ganz Naboo freisetzen zu können.
Um das zu verhindern durchkämmten die verbliebenen republikanischen Truppen das Labor und zerstörten die letzten Droiden. Allerdings wurde Padmés Schutzanzug dabei beschädigt und sie infizierte sich mit dem Virus. Wenig später wurden auch Ahoska, Rex und die Klone vom Virus befallen.
Erst als Obi-Wan und Anakin einige Zeit später mit dem Gegenmittel zurückkehrten konnten die Eingeschlossenen gerettet werden...