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Angeführt wurde die Konföderation von einem Premierminister.
Die neue Allianz nannte sich schlicht Konföderation. Als sich Fondor, Bespin und Adumar sich dieser neuen Institution anschlossen, hatten die Konföderierten zwei der grössten militärischen Schiffwerften der Galaxis (Fondor, Corellia), und wichtige Lieferanten für Blaster-Gas (Bespin) und Protonen-Torpedos (Adumar) in ihren Reihen, was sehr wichtig für die Bildung einer Konföderierten Flotte war.
Da die Konföderation nun eine schlagkräftige Flotte besassen, griffen sie die Werften der Allianz an um deren militärischen Nachschub einzuschränken.
Dank ihren Erfolgen, schlossen sich auch die Hutts der Konföderation an. Es gab desweiteren Hinweise darauf, dass die Konföderierten mit den Imperialen Restwelten sympathisierten, da sie den ehemaligen Imperialen General Turr Phennir zum Oberbefehlshaber der Konföderierten Flotte ernannten.
Nach der Schlacht von Gilatter VIII, tötete Ben Skywalker den konföderierten Premierminister Dur Gejjen auf Befehl Jacen Solos. Der Tod Gejjens war ein schwerer Verlust für die Konföderation. Doch die Bothaner waren nicht bereit aufzugeben und boten den Mandalorianer 20 Millionen Credits pro Monat, wenn sie die Konföderation mit Schiffen und Infanterie unterstützen würden. Die Bothaner waren auch sehr an den neuen Bes'uliik-Klasse Angriffsjäger der Mandalorianer interessiert und waren bereit einen hohen Preis für sie zu bezahlen.
Kurz nachdem die Galaxis in einen weiteren Bürgerkrieg verwickelt wurde, griffen die Konföderierten die Kernwelten an, in der Hoffnung eine Entscheidungsschlacht bei Coruscant schnell herbeiführen zu können. Obwohl Balmorra fiel, erlitt die Konföderation eine schwere Niederlage bei Kuat und war nicht in der Lage die Wookiees für ihre Sache zu gewinnen. Daher fehlte es der Konföderation an der nötigen Schlagkraft für einen schnellen Sieg.
Nach der Schlacht von Kashyyyk musste die Konföderation Niederlage um Niederlage hinnehmen. Die schweren Verluste bei Bothawui und Commenor, sowie die Zerstörung der Centerpoint-Station und der Fall von Fondor brachten die Konföderation an den Rand des völligen Zusammenbruchs.
Ihre letzte große Operation war die Zweite Schlacht von Roche, als sie mit der Jedi-Koalition und der Exil-Allianz den Versuch unternahmen die Roche Asteroiden zurückzuerobern. Doch ihre Flotte wurde von Admiral Nek Bwua’tu zurückgeschlagen.
Nach dem Ende des Krieges schloss die Konföderation sich wieder der Allianz an.
Mitgliedswelten
Corellia-Sektor
Commenor
Bothawui
Fondor
Bespin
Adumar
Loyalisten der Imperialen Restwelten
Korporationssektor
Hutt-Raum
Jabiim
Atzerri
Chasin
Bimmisaari
Halla-Sektor
Hapanische Rebellen