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Die Schlacht um Bothawui fand zeitgleich im Orbit des Planeten und auf der Planetenoberfläche statt und war eine der schwersten Schlachten in der frühen Phase der Klonkriege.
Obwohl die erschöpften Klontruppen auf Bothawui ihrem Gegner zahlenmäßig unterlegen waren und sich eine weitere Kampfgruppe der Separatisten Bothawui näherte, plädierte General Skywalker für Gegenwehr um jeden Preis, da die KUS ansonsten die Kontrolle über den ganzen Sektor erlangt hätte.
Um die feindlichen Schiffe am Erreichen Bothawuis zu hindern postierte Anakin einige AT-TE auf dem Asteroidenring von Bothawui.
Als später die Kampfgruppe der Separatisten, angeführt von General Grievous, den Asteroidenring durchquerte wurden einige Fregatten von herumfliegenden Asteroiden getroffen, deswegen befahl er sämltliche Schiffsenergie auf die vorderen Deflektorschilde zu leiten wodurch das Heck der Fregatten ungeschützt war.
Kurz darauf starteten Anakin Skywalker und die V-19 Torrents der Sternenzerstörer um die vorrückenden Munificent-Fregatten anzugreifen.
Nachdem die Flotte der Separatisten das Asteroidenfeld durchquert hatte beschossen die Fregatten, mit ihren schweren Bugturbolasern, die wartenden Venator-Sternenzerstörer der Republik. Durch den konzentrierten Beschuss schafften es die Fregatten schließlich die Schilde eines Venator zu durchdringen und konnten das Schiff schwer beschädigen aber nicht zerstören.
Als die Separatisten in Reichweite der AT-TE kamen befahl Anakin Ahsoka die Falle zuschnappen zulassen. Diese kontaktierte Captain Rex und befahl den wartenden AT-TE anzugreifen.
Daraufhin eröffneten die Kampfläufer das Feuer auf das ungeschützten Heck der Fregatten während die Geschütze der Sternenzerstörer die Frontseite angriffen und Grievous Flotte so in ein tödliches Kreuzfeuer nahmen. Während die Sternenzerstörer und Kampfläufer die zahlenmäßig überlegene Flotte nach und nach vernichteten beschoss Anakin mit seinem Jäger die ungeschützte Brücke einer Fregatte und machte sie auf diese Weise kampfunfähig.
Als General Grievous schließlich die drohende Niederlage erkannte begab er sich zum Hangar seines Schiffs und stieg in die Soulless One um vom Schlachtfeld zu fliehen.
Doch bei seiner Flucht wurde er von Anakin entdeckt und der Jedi nahm die Verfolgung auf. Aber im Verlauf der Verfolgung wurde Anakins Jäger von herumfliegenden Trümmerteilen getroffen und kurz darauf explodierten die Antriebs- und Steuerungssysteme seine Jägers.
Anakin konnte zwar gerettet und ins Med-Center der Resolute gebracht werden, doch von R2-D2 fehlte jede Spur...