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Wie alle Trooper der Großen Armee trug auch Rex die Phase-I-Rüstung. Doch anders als noch in der Schlacht um Geonosis symbolisierten die Farbmarkierungen auf den Rüstungen der 501. nicht mehr den Rang sondern die Einheit.
Außerdem trug Rex noch einen Kama, ARC-Schulter-Paudrons und einen Entfernungsmesser, wie ihn auch die ARC-Trooper verwendeten. Zudem waren auf seinem Helm Jaig-Augen, die als Auszeichnung für besondere Tapferkeit verliehen wurden, aufgemalt.
Neben seinem DC-15s-Blaster trug Rex ständig zwei DC-17 Handblaster, wie sie auch von Fordo verwendet wurden.
Als wenig später die Kampfdroiden der KUS, angeführt von General Whorm Loathsom, erneut angriffen versuchten Kenobi und Cody mit einem Großteil der Truppen die Stellung zu halten.
Skywalker, Rex und vier andere Trooper der Torrent-Kompanie umgingen jedoch die vorrückenden Kampfdroiden und fielen ihnen in die Flanke. Zusammen mit dem Feuer der Artilleriegeschütze konnte der feindliche Vormarsch gestoppt und schließlich zurückgeschlagen werden.
Kurz darauf landete ein Shuttle auf Christophsis, welches Ahsoka Tano statt der erhofften Verstärkung absetzte. Da Skywalker keinen Padawan wollte befahl er Rex der jungen Togruta die vorgelagerte Stellung zu zeigen und ihr die Grundlagen der Kriegsführung beizubringen. Im Verlauf des Gespräches erklärte Rex Ahsoka dass es natürlich war Angst zu empfinden und dass die Klone, trotz ihres identischen Aussehens, einzigartige Charaktere waren.
Während ihres Gesprächs aktivierten die Separatisten ihren Energieschild und starteten einen neuen Angriff. Da die Artilleriegeschütze durch den Schild nutzlos wurden konnten die zahlenmäßig weit überlegenen Kampfdroiden vorrücken und letztendlich die Linien der Klontruppen durchbrechen.
Deshalb entschied sich Kenobi mit General Loathsom über die Bedingungen der Kapitulation zu verhandeln. Dadurch konnten Skywalker und Tano, welche die Kampfdroiden umgangen hatten, den Schildgenerator zerstören, anschließend zerstörten die Artilleriegeschütze die Kampfdroiden.
Kurz darauf landete Meister Yoda mit zusätzlichen Truppen auf Christophsis und schickte Skywalker, Tano, Rex und die Reste der Torrent-Kompanie nach Teth.
Dort sollten sie Rotta, den entführte Sohn von Jabba den Hutten, finden und zurück nach Tatooine bringen. Auf diese Weise hätte die Republik Zugriff auf die Hyperraumrouten der Hutten erhalten und wäre so in der Lage gewesen ihre Truppen vom Outer-Rim in die inneren Gebiete der Galaxis zu verlegen.
Danach überließ sie die Gefangenen Klone ihren Kampfdroiden und machte sich auf die Suche nach Skywalker. Rex und seine Leute nutzten die Gelegenheit, überwältigten ihre Bewacher und verschanzten sich im Wrack des zerstörten AT-TE. Die Jedi konnten unterdessen zwar Rotta in Sicherheit bringen, mussten dafür aber Rex und seine Leute im Stich lassen um die Mission nicht zu gefährden. Da Rex wusste dass die Mission immer an erste Stelle stand hatte er vollstes Verständnis für die Entscheidung Skywalkers.
Über eine Stunde verteidigten die Überlebenden ihre Stellung ehe Cody und das 212. Angriffsbataillon eintrafen und die Kampfdroiden endgültig vernichteten.
Nach dem Gefecht sprachen Cody und Rex über die Geschehnisse auf Teth. Dabei erklärte Rex dass die gesamte Mission falsch angegangen wurde. So hätte man viel kräftiger aus der Luft zuschlagen müssen um die hohen Verluste bei den Bodentruppen zu vermeiden.
Nach ihrer Rückzug trafen Rex und Cody auf die überlebenden Trooper der Station. Zusammen konnte die Gruppe zwar die Station zurück erobern, doch im Orbit war bereits eine konföderierte Flotte eingetroffen die sich Kamino näherte.
Da die Kloneinrichtungen auf Kamino in Gefahr waren und zusätzliche Kampfdroiden landeten entschieden die Klone die Radarstation mit flüssigem Tibanna-Gas in die Luft zu sprengen. Dadurch wollten sie verhindern dass die Kampfdroiden erneut die Station einnahmen und zudem wollten sie durch die Sprengung die republikanischen Truppe alarmieren.
Während Rex und Fives den gewaltigen Sprengsatz vorbereitete sollten Hevy und die restlichen Soldaten die anrückenden Kampfdroiden aufhalten. Deswegen nahm sich Hevy einen Z-6 Rotationsblaster mit dem er zahlreiche Droiden zerstörte und seinen Kameraden wertvolle Zeit verschaffte. Während sich Rex, Cody, Echo und Fives zurückzogen, sollte Hevy den Sprengsatz programmieren und ihnen danach folgen, doch die Programmierung versagte und die Kampfdroiden erreichten den Kontrollraum.
Als sie wenig später Hevy entdeckten eröffnete er das Feuer und zerstörte weitere Droiden. So konnte er sich bis zum Kontrollraum vorkämpfen, wurde aber ein paar Meter vor dem Sprengsatz getroffen und fiel zu Boden. Daraufhin beugten sich die Droiden über Hevy und diskutierten ob sie ihn gefangen nehmen sollten. Doch der Klon raffte sich auf zündete den Sprengsatz und zerstörte damit die gesamte Station.
Durch Hevys Opfer erfuhr die Republik vom Angriff der KUS und die Open-Circle Kampfgruppe konnte die feindliche Flotte zurückschlagen. Dadurch rettete Hevy unzähligen Klonen auf Kamino das Leben.
Nach ihrer Ankunft auf der Resolute erhielten Echo und Fives einen Orden für ihren Einsatz in der Schlacht und wurden der 501. Legion zugewiesen.
Dort trafen sie auch wieder auf Skywalker, der inzwischen R2 gefunden hatte. Als ihm die beiden berichteten dass Ahsoka allein gegen Grievous kämpfte beschloss er ihr zu Hilfe zu kommen. Daraufhin verschloss R3-S6, den man Skywalker als Ersatz für R2 zugeteilt hatte und von der KUS manipuliert wurde, die Hangartüren und aktivierte Vulture-Doiden. Zudem betraten zahlreiche Superkampfdroiden den Hangar, wodurch die Klone und Skywalker in Deckung gehen mussten.
Daraufhin befahl Skywalker die Sprengsätze zu zünden, was Rex nach anfänglichen Zweifeln auch tat. Wenig später erreichte auch Ahsoka den Hangar und Rex entdeckte einige Brennstoffzellen neben den Kisten. Diese schleuderte Skywalker zu den Droiden und Rex brachte sie mit einem gut gezielten Schuss zur Explosion, wodurch die Droiden zerstört wurden und die Gruppe lebend den Hangar verlassen konnte.
Nach dem Absturz auf Maridun suchten Aayla, Ahsoka und Bly nach Hilfe für den verletzten Anakin. Währenddessen blieb Rex bei dem verletzten Jedi. Gerade als Anakin langsam wieder zu Bewusstsein kam griff ein Rudel Mastif-Phalone das Lager der beiden an. Rex konnte einen der Angreifer töten und eine weitere Kreatur verletzen. Aber erst mit dem Eintreffen von Ahsoka, Aayla, Bly und Wag Too, einem Heiler der Lurmen, konnte der Angriff endgültig abgewehrt werden.
Gemeinsam brachten sie Skywalker zum Dorf der Lurmen wo Wag Too weiter die Verletzungen des Jedi behandelte.
In der kurz darauf stattfindenden Schlacht um Maridun verteidigten Rex, Bly und die Jedi die Lurmen gegen eine neue Waffe der Separatisten.
Nach ihrer Flucht in ein sicheres Gebiet entwickelte Anakin einen neuen Plan um die Blockade der KUS doch noch zu durchbrechen. Dazu wollte er die schwer beschädigte Defender opfern um das Kommandoschiff der Blockade zu zerstören.
Während das komplette Personal und Material von der Defender auf die Resolute gebracht wurde blieben Anakin und R2-D2 auf der Defender um das Schiff zu steuern.
Als er mit der Defender dann wieder den Orbit über Ryloth erreichte kontaktierte er Captain Tuuk und erklärte ihm, er werde sich, mitsamt seiner Crew und seinem Schiff, ergeben wenn er zuvor noch eine Ladung Lebensmittel nach Ryloth bringen dürfe.
Doch als die Kampfdroiden das Schiff scannten bemerkten sie dass nur ein Lebewesen an Bord war, weshalb Mar Tuuk Anakins List entdecken konnte.
Daraufhin blockierte Anakin den Antrieb der Defender und verließ das Schiff in einer Rettungskapsel. Die konföderierten Schiffe versuchten zwar noch die Defender zu zerstören, doch sie scheiterten und die Defender kollidierte mit dem Kontrollschiff der Blockade und beide Schiffe explodierten.
Mar Tuuk konnte sein Schiff zwar rechtzeitig verlassen aber jetzt waren die Kampfdroiden führungslos und konnten den Angriff der Resolute, die wenig später erneut angriff, nicht abwehren. Dadurch gelang es der Republik doch noch die Blockade zu durchbrechen und die Bodeninvasion einzuleiten.
Nachdem die Kampfhandlungen beendet waren sammelte Rex Anakins Fluchtkapsel ein und brachte ihn zurück zur Resolute...