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Zu Beginn der Schlacht griffen die Truppen von A'Sharad Hett, die Kampfdroiden aus der Luft an. Als die Verluste immer weiter anstiegen beschloss man zu landen und in den Nahkampf überzugehen. Dabei wurde Bhat Jul, A'Sharad Hetts Padawan, von einer Explosion schwer verwundet und erlag wenig später seinen Verletzungen.
Anakin war erschüttert von der Reaktion A'Sharad Hetts, der seinen toten Padawan einfach im Wüstensand zurückließ. Trotz Bhat Juls Tod waren die Jedi in der Lage, die Separatisten aufzuhalten. Da man aber mit feindlicher Verstärkung rechnete, zog man sich in eine Höhle zurück.
Auch die Truppen um Ki-Adi-Muni und Bultar Swan, die von A'Sharad abgeschnitten worden waren, gerieten unter schweres Feuer und hatten zunehmend Verluste zu beklagen. Allerdings wollte man nicht Kapitulieren, da Ki-Adi-Mundi befürchtete, eine weitere Niederlage, wie in der Schlacht um Jabiim, würde weitere Sternensysteme in die Arme der Seperatisten treiben. Um dies zu vermeiden plante man einen Gegenangriff um die feindlichen Truppen zu überrennen, sobald der Sandsturm vorüber war. Bis dahin suchten Ki-Adi-Mundis Truppen in der Nähe der Vondar-Schlucht Schutz vor dem Unwetter.
Der Gegenangriff wurde jedoch schon kurz nach seinem Beginn von der KUS aufgehalten und zum Erliegen gebracht. Wegen der wenigen Kanonenboote gelang es den Klonen nicht die Linien der Seperatisten zu durchbrechen. Deswegen begann man den geordneten Rückzug, um soviel Ausrüstung und Truppen wie möglich zu retten.
Wie Ki-Adi Mundi befürchtete, endete die Schlacht um Aargonar mit einer Niederlage der Republik. Im Gegensatz zur Schlacht um Jabiim war diese Niederlage aber nicht mit horrenden Opferzahlen an Jedi und Klontruppen verbunden. Der trostlose Wüstenplanet verfügte über keinerlei strategischen Wert und besaß, im Gegensatz zu Jabiim, auch keine wichtigen Rohstoffvorkommen...