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Bei den Klontrooper wurden die umfangreichsten Veränderungen am Erbmaterial Jango Fetts vorgenommen. Eigenschaften wie Loyalität, Mut, Aggression und ein starker Sinn für Disziplin wurden besonders hervorgehoben und gestärkt, während unerwünschte Eigenschaften wie etwa Jangos Einzelgängertum entfernt wurden, da diese Wesenszüge für einen Infanteristen ungeeignet waren. Ergebnis waren in höchstem Maße disziplinierte und gehorsame Klone.
Durch diese Manipulationen und ihre Ausbildung waren die Klontrooper in der Lage selbstständig zu handeln und eigenständige Entscheidungen zu treffen, gleichzeitig folgten sie den Befehlen ihre Kommandeure ohne Einwände und ohne Rücksicht auf eigene Verluste. Die Soldaten wurden in der Regel von einem Jedi-General oder Klon-Commander befehligt und in die Schlacht geführt.
Die Ausbildung eines Klontrooper setzt sich aus zwei Komponeten zusammen, dem Flash-Training und den sogenannten Live-Fire Übungen. Die Ausbildung wurde dabei auf die spätere Aufgabe des jeweiligen Klons zugeschnitten. So wurden die Offiziere bereits früh im Kommandieren von Truppen ausgebildet, während die Piloten lernten jedes Fahrzeug der GAR zu steuern.
Standardausrüstung eines jeden Klontrooper waren der DC-15-Blaster und die Phase-I-Rüstung, welche später von der Phase-II-Modellen abgelöst wurde. Die Bevölkerung der Republik nannte die Klontrooper aufgrund ihrer Rüstungen manchmal abschätzig Fleischbüchsen...
Episode II -Angriff der Klonkrieger (Film)
Republic Commando - Feindkontakt
Republic Commando - Triple Zero