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Doch Darh Sidious dunkelstes Geheimnis kam erst am Ende der Klonkriege zum Vorschein: Er war in Wahrheit Kanzler Palpatine, einstiger Senator des Planeten Naboo und späterer Imperator der Galaxis. Nachdem Sidious der neue dunkle Lord geworden war, suchte er sich einen Schüler, den er bald in Gestalt eines jungen, iridonianischen Zabraks vom Planeten Iridonia fand. Er nahm das Kind zu sich, trainierte und unterwies es in den Wegen der dunklen Seite, bis aus dem einstigen Kind der gefüchtete Darth Maul wurde. Als die Verbrecherorganisation Schwarze Sonne zu einer Gefahr für Sidious Pläne wurde, entsandte er Maul, der den gesamten Führungskader der Sonne einschließlich ihres Anführers Lex ausschaltete. Etwa 1 Jahr vor der Naboo-Invasion sorgte Sidious für einen Aufstand der kriegerischen Yinchorii. Die Jedi konnten schließlich die Gefahr durch die Yinchorii abwehren, was ganz im Sinne Sidious war (der Planet Yinchor wurde Jahrzehnte später zum Ausbildungszentrum der imperialen Ehrengarde). Einige Jahre vor der Invasion von Naboo begann Sidious, den uralten Plan seines Ordens - die Vernichtung der Jedi und die Herrschafft der Sith über die Galaxis - in die Tat umzusetzen. Er machte die Neimoidianer, die nach der katastrophalen Eriadu-Konferenz die Führer der Handelsföderation geworden waren, zu seinen Marionetten. Als Senator Palpatine hatte er dafür gesorgt, dass die äußeren Handelsrouten höher besteuert wurden. In seiner Identität als Darth Sidious kontaktierte er Vizekönig Nute Gunray und überzeugte ihn, den kleinen, unscheinbaren Planeten Naboo mit einer Blockade zu belegen. Als der oberste Kanzler Finis Valorum 2 Jedi-Ritter entsandte, begann die Föderation mit der Invasion des Planeten Naboo. Im Laufe der folgenden Ereignisse schickte Sidious seinen Schüler Darth Maul aus, die Jedi zu töten und die Königin von Naboo, Padme Amidala, zu Gunray zu bringen. Maul tötete den Jedi-Meister Qui-Gon Jinn, wurde aber im Gegenzug von dessen Schüler Obi-Wan Kenobi bezwungen. Die Handelsföderation verlor die Schlacht um Naboo, doch Senator Palpatine wurde vom Senat zum nächsten und schließlich letzen Kanzler der Alten Republik gewählt.
Nach Naboo suchte sich Sidious einen neuen Schüler, den er bald darauf in Gestalt des exilierten Jedi-Meisters Count Dooku fand. Dooku war schon immer fasziniert von der dunklen Seite, und schon bald wurde er Sidious neuer Schüler, Darth Tyranus. Der Jedi Sifo-Dyas, ein alter Freund Dookus, spürte das Nahen der dunklen Seite der Macht und hatte eine Klonarmee der Republik auf dem Planeten Kamino in Auftrag gegeben. Tyranus tötete Sifo-Dyas, wählte den Kopfgeldjäger Jango Fett als genetisches Muster für die Klonarmee aus und sorgte dafür, dass die Republik erst von dieser Armee erfuhr, wenn die Sith die Zeit dafür gekommen sahen. Count Dooku tauchte ungefähr 2 Jahre vor Beginn der Klonkriege als politischer Führer einer separatistischen Bewegung auf, die sich von der Republik abzuspalten drohte. Diese Krise erlaubte es Palpatine, über seine reguläre Amtszeit hinaus Kanzler zu bleiben. Kurz vor der Schlacht um Geonosis gründete Dooku mit Hilfe der Handelsföderation, der Handelsgilde, der Techno-Union, dem Intergalaktischen Banken-Clan und weiteren Verbündeten wie den Geonosianern, die Konföderation Unabhängiger Systeme, kurz KUS. Nachdem Obi-Wan Kenobi erst die im Geheimen erschaffene Klonarmee der Republik und kurz darauf eine gewaltige Droidenstreitmacht auf Geonosis entdeckt hatte wurde der Republik klar, dass die Separatisten keinesfalls am Frieden interessiert waren. Die Galaxis steuerte auf einen Krieg zu. Als der Gungans Jar Jar Binks den Vorschlag machte, Kanzler Palpatine für die Dauer der Krise Notstandsvollmachten zu erteilen, stimmte der Senat begeistert zu. Palpatine versprach, diese Vollmachten sofort wieder abzugeben, wenn die Krise überwunden sei, doch dies sollte niemals geschehen.
Mit der Schlacht um Geonosis begannen die Klonkriege, die für die ganze Galaxis eine verheerende Zeit waren. Sidious und Dooku spielten dabei beide Seiten gegeneinander aus. Als Kanzler erhielt Palpatine mehr und mehr Befugnisse im Namen von allgemeiner Sicherheit und Ordnung, nur wenige äußerten sich darüber kritisch, darunter die Senatoren Bail Organa und Mon Mothma, die späteren Gründer der Allianz zur Wiederherstellung der Republik. Und Dooku sorgte mit immer weiteren Angriffen der Konföderation dafür, dass Palpatine mehr und mehr Befugnisse erhielt. Dooku war einer der Wenigen, die Sidious wahre Identität kannten. Er wußte auch von Sidious Plänen, die Republik endgültig zu stürzen und ein neues Imperium der Sith zu errichten. Sidious hatte Dooku versprochen, dass dieser als sein Schüler im kommenden Imperium einen Platz erhalten würde, doch Sidous hatte andere Pläne. Er war auf der Suche nach dem ultimativen Schüler, denn Maul war nicht mehr als eine bloße Kampfmaschine gewesen, Dooku war ideal dafür gewesen, die Konföderation zu gründen und Krieg gegen die Jedi und die Republik zu führen, doch Sidious Vision einer Sith-Herrschaft war ohne Dooku geplant.
Nachdem die Klonkriege über 3 Jahre gewütet hatten, sah Sidious die Zeit gekommen, seine Pläne zu einem Ende zu bringen. Der militärische Führer der KUS, General Grievous, startete einen Angriff auf Coruscant, die Hauptstadt der Republik, und entführte den Kanzler. In der darauf folgenden Schlacht eilten der Jedi Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker, ein Sklave vom Planeten Tatooine und Kenobis einstiger Schüler, zur Rettung des Kanzlers herbei. An Bord der Invisible Hand, Grievous Flaggschiff, stellten sich die beiden ein weiteres Mal Count Dooku. Kenobi wurde von Dooku ohne große Mühe ausgeschaltet, doch Skywalker war sehr viel mächtiger geworden. Schließlich schlug Anakin dem Sith beide Hände ab. Palpatine, der den ganzen Kampf aufmerksam verfolgt hatte, brachte den jungen Jedi schleßlich dazu, den wehrlosen Dooku zu köpfen. Im Augenblick seines Todes wurde Dooku bewußt, dass er nichts weiter als eine Marionette in den Händen seines Meisters gewesen war, denn Verrat ist eine Eigenschaft, die jeder Sith innehat. Sidious wußte nun, dass Skywalker der Schüler war, den er solange gesucht hatte. In seiner Identität als Palpatine hatte er seit Jahren engen Kontakt mit dem jungen Skywalker gepflegt, ihn bei all seinen Entscheidungen bekräftigt und Anakins Misstrauen gegenüber dem Jedi-Rat geschürt. Nun entfaltete Palpatine das Netz der Intrigen, dass er über Jahrzehnte gespannt hatte. Er ahnte, dass der Jedi-Rat ihm gegenüber misstrauisch geworden war und Anakin nur in den Rat aufgenommen worden war, um ihn, den Kanzler, auszuspionieren. Palpatine wußte um die Zerrissenheit des jungen Skywalker, er wußte auch von den schrecklichen Visionen des jungen Jedi über den baldigen Tod seiner Frau, Senatorin Padme Amidala und ihres ungeborenen Kindes. Dies machte sich Sidious zu Nutze. Er sorgte dafür, dass Obi-Wan auf die Suche nach Grievous geschickt wurde, um Anakin ganz auf die dunkle Seite ziehen zu können. Er enthüllte Anakin seine Identität als Sith Lord. Skywalker, nun völlig verunsichert, gab diese schreckliche Nachricht an den Rat weiter. Mace Windu, Saesee Tiin, Agen Kolar und Kit Fisto brachen daraufhin auf, den Sith unter Arrest zu stellen. Doch Palpatine war ein Meister der dunklen Seite. Innerhalb weniger Augenblicke tötete er alle Jedi bis auf Windu.
Der Kampf zwischen beiden war hart, doch am Ende konnte Mace den Sith entwaffnen. Gerade, als er Sidious töten wollte, erschien Anakin auf der Bildfläche. Sidious attackierte daraufhin Mace mit Machtblitzen, doch dieser schleuderte sie mit seinem Schwert zurück auf Sidious. Der dunkle Lord konnte nun seine Maske des gütigen, freundlichen Kanzlers nicht mehr aufrecht erhalten und zeigte sein wahres Gesicht: Das des Darth Sidious, ein altes, eingefallenes und knochiges Aussehen mit gelben Augen in schwarzen Höhlen. Schließlich ergab er sich und Windu setze zum finalen Schlag an. Doch in diesem Augenblick entschied sich Anakin für Palpatine und für die dunkle Seite der Macht. Er zückte sein Lichtschwert, schlug Mace die Schwerthand ab und sah zu, wie Sidious ihn mit der geballten Macht der dunklen Seite tötete. Anakin kniete vor Sidious nieder und wurde dessen neuer Schüler, Darth Vader.
Die Sith machten sich sofort daran, die Gefahr, die von den Jedi ausging, zu eliminieren. Vader marschierte mit einer Legion Klontruppen in den Jedi Tempel und tötete dort jeden Jedi, selbst die Jünglinge. Sidious gab indessen die Order 66 aus, der jeden Jedi in der Galaxis als Verräter und Feind der Republik klassifizierte. Überall in der Galaxis wurden Jedi-Generäle von ihren einst treuen Klonen kaltblütig getötet. Kenobi und Yoda überlebten die Massaker. Vader tötete unterdessen die Anfüherer der Separatisten auf Mustafar, darunter auch Nute Gunray, und der Krieg war beendet. Sidious berief am nächsten Tag eine Sondersitzung des Senats ein, in der er die Jedi des Verrates bezichtigte, was der Senat bereitwillig glaubte. Dann machte er den letzten Schritt auf dem Weg zur absoluten Herrschaft. Er rief das Erste Galaktische Imperium aus, mit ihm als Imperator. Die Republik war gestürzt, die Herrschaft der Sith und somit der dunklen Seite hatte begonnen.
Doch ein Kampf stand Sidious noch bevor: Während Obi-Wan nach Mustafar aufbrach, um seinen einstigen Freund aufzuhalten, stattete Yoda dem neuen Imperator einen Besuch in dessen Büro ab. Es kam zum Kampf zwischen den mächtigsten Vertretern der dunklen und der lichten Seite der Macht. Der Kampf verlagerte sich in die große Senatskammer, beide Kämpfer gingen bis and die Grenzen ihrer Kräfte, sie schleuderten Senatskapseln aufeinander und bewiesen eindrucksvoll, dass sie die besten Schwertkämpfer der Galaxis waren. Der Sith - Lord hatte sich eine mächtige Strategie in der Macht zu Eigen gemacht - Das größte Licht wirft den tiefsten Schatten - Das hieß, desto mächtiger der Gegner war, desto mächtiger war er. Schließlich aber wurde Yoda durch die geballte Macht dunkler Machtblitze in die Tiefen des Senats geschleudert. Er wußte, dass er den Sith nicht im offenen Kampf besiegen konnte und trat die Flucht an. Sidious spürte derweil, dass sein Schüler in Gefahr war und brach unverzüglich nach Mustafar auf. Dort, am Ufer eines Lavasees, fand er Vader, jedoch mehr tot als lebendig. Er nahm ihn mit nach Coruscant, wo Vader auch körperlich zum Bösen wurde. Er trug von nun an eine lebenserhaltende Rüstung und war nun vollkomen der dunklen Seite verfallen. Obi-Wan und Yoda versteckten sich und Anakins Kinder, Luke und Leia, die einzige Hoffnung, die die Galaxis noch hatte. Sidious herrschte nun als Palpatine, Imperator der Galaxis...