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Die Trayus-Akademie war eine alte Ausbildungsstätte der Sith auf dem Planeten Malachor V. Der Jedi-Ritter Revan entdeckte das verlassene Gebäude während den Mandalorianischen Kriegen. Die vergessenen Relikte der Sith, die er dort entdeckte, ebneten seinen Weg zur dunklen Seite der Macht und für seinen Versuch die Alte Republik zu erobern.
3963 Jahre vor der Schlacht um Yavin befand sich die Republik in Schwierigkeiten. Die scheinbar unaufhaltsamen Mandalorianer hatten die Republik angegriffen und fingen an Welten zu erobern. Der Jedi-Ritter Revan entschied sich den Planeten Malachor V genauer zu untersuchen, da diese eine verbotene Welt der Mandalorianer war. Bei seinen Nachforschungen auf dem Planeten fand er allerdings mehr, als er vermutete.
Er entdeckte durch Zufall die alte Trayus-Akademie in der sich alte Sith-Holocrons und andere Artefakte der Sith befanden. Außerdem fand er Beweise, dass die alten Sith in den unbekannten Regionen nach wie vor existierten und dort eine Bedrohung für die Galaxis waren.
Zu dieser Zeit kam Revan zu dem Entschluss, dass die Republik nicht in der Lage wäre gegen die Sith stand zu halten. So entschloss er eine neue Regierung unter den Lehren der Sith zu gründen. Er nutzte die dunkle Energie des Planeten, um Anhänger zu gewinnen und diese in der Trayus-Akademie auszubilden.
In den folgenden Jahren führte Revan das republikanische Militär fast zum Sieg gegen die Mandalorianer. Er zwang sie zu einer letzten Schlacht auf Malachor V. In Geheimen hatte er den Einsatz einer Waffe vorbereitet, bekannt unter den Namen Masseschattengenerator. Mit ihr wollte er das Ende der Mandalorianischen Kriege erreichen. Beaufsichtigt wurde das Vorgehen von einem Jedi-General, die nur noch als die Verbannte bekannt ist.
Nachdem die Waffe aktiviert worden war, wurde ein riesiger Teil der mandalorianischen und der republikanischen Flotte in eine Schwerkraftturbulenz gezogen die stark genug war, um die unzähligen Schiffe auf die Planetenoberfläche zu ziehen und diese zu zerbrechen. Überraschender Weise blieb die Trayus-Akademie intakt und wurde nicht zerstört.
Während des Jedi-Bürgerkriegs verwendete Revan die Akademie als geheime Basis, um gefangene Jedi zu „brechen“ und sie auf die dunkle Seite zu ziehen. Ihre natürliche arrogante Art machte es Revan leicht sie zu loyalen Sith zu bekehren.
Ein Jahr nach dem Jedi-Bürgerkrieg machte sich der rehabilitierte Revan auf, um die „wahren“ Sith zu finden. Revans alte Meisterin Kreia führte das Schicksal währenddessen nach Malachor V zur Trayus-Akademie. Dort verfiel sie der dunklen Seite und wurde Darth Traya. Sie studierte die Geheimnisse der Akademie und unterrichtete die übrig gebliebenen Sith, deren einzige Aufgabe darin bestand den Jedi-Orden auszulöschen.
Sie fand zwei Sith Lords, die ihre Ansichten über die Vernichtung der Jedi teilten. Gemeinsam mit ihren Schülern Darth Nihilus und Darth Sion leitete sie nun die Akademie und führte sie zu ihrem Höhepunkt. Jedoch verrieten die beiden Schüler Kreia und verbannten sie von Malachor V.
Um Rache an ihren Schülern zu nehmen und an der Macht selbst, unterrichtete Kreia die Verbannte, die erst Darth Nihilius auf der Ravager und später Darth Sion in der Trayus-Akademie besiegte. Danach kam es zu einer letzten Konfrontation zwischen der Verbannten und Kreia im Kern der Akademie. Kurz nachdem die Verbannte Kreia in einem Lichtschwertduell tötete, wurde Malachor V und somit auch die Trayus-Akademie vom reaktivierten Masseschattengenerator zerstört…