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Dieser Sith-Orden wurde angeführt und gegründet von Darth Krayt, der einst A'Sharad Hett war. Krayt errichtete den neuen Orden gegen Ende oder kurz nach der Yuuzhan Vong-Invasion, ungefähr 30 Jahre nach der Zerstörung des ersten Todessterns. Auf Korriban waren immer noch viele alte Schriftstücke und Holocrone versteckt, mit denen Darth Krayt genug Grundlagen hatte, um "seinen" Orden zu gründen. Das Holocron der Sith-Lady XoXaan beeinflußte Krayt stark beim Übergang zur dunklen Seite, und dem Aufbau eines neuen Ordens. Anstatt auf die 1000jährige Regel der 2 von Darth Bane zu vertrauen, schaffte Krayt diese Regel ab, und führte stattdessen die Regel des Einen ein - fortan gab es nur den Sith-Orden selbst, mit einem dunklen Lord an der Spitze und einer großen Anzahl Untergebener Sith Lords. Diese Regel erinnerte stark an das alte Sith-Imperium, denn zu jenen Zeiten gab es auch nur einen regierenden dunklen Lord, und einen Rat der Sith. Ob Krayt davon wußte, ist nicht bekannt.
Etwa zehn Jahre nach dem Ende des Yuuzhan Vong Krieges waren bereits dutzende von Sith auf Korriban aktiv, und die dunkle Jedi Alema Rar traf sie, als sie nach Korriban gelangte. Sie versuchte, Unterstützung für Darth Caedus zu sammeln, doch Krayts Orden betrachtete Cadeus und sein Wirken als nutzlos, und blieb weiterhin verborgen auf der Begräbniswelt. Darth Krayt wollte eine neue Ordnung schaffen, da er miterlebt hatte, welches Chaos und welche Zerstörung die Yuuzhan Vong in der Galaxis bewirkt hatten. Er wußte, dass die Jedi dafür kein Verständnis hatten, und sie beseitigt werden mussten. Als die Jedi und die Yuuzhan Vong das Ossus-Projekt starteten, bei dem durch das Terraforming der Vong ein zerstörter Planet wieder aufgebaut wurde, sabotierten Krayts Agenten Ossus und andere Planeten, auf denen ähnliches geschah. Die nun noch stärker zerstörten Welten forderten den Tod aller Yuuzhan Vong, und es kam zum Bruch innerhalb der galaktischen Allianz.
Der neue Orden wuchs in den folgenden 100 Jahren nach seiner Gründung beständig, bis die Sith mit dem neuen galaktischen Imperium in Kontakt traten, um gegen die Galaktische Allianz vorzugehen. Im sogenannten Sith-Imperialen-Krieg der von 127- 130 Jahre nach der Schlacht um Yavin wütete, besiegten die Sith und das Imperium die Allianz, und löschten die Jedi, wie 150 Jahre zuvor Palpatine, einmal mehr beinahe aus. Nach dem gewonnenen Krieg erschien Krayt mit seinen Sith auf Coruscant, und stürzte Imperator Roan Fel. Der Rat der Muftis, der ihn dabei unterstützte, war sich nun sicher, dass die Geschicke der Galaxis und des Imperiums in die richtigen Hände gelangen würden, nämlich in die von Großadmiral Morlish Veed, einem der Ihren.