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Ganz zu Anfang der Yuuzhan Vong-Invasion wurden er und Corran Horn auf den Planeten Bimmiel entsand. Dort tötete Corran mehrere Yuuzhan Vong im Zweikampf, wurde von deren Amphistäben gestreift und so vergiftet, aber Ganner konnte ihn retten.
Er kämpfte später während der Schlacht um Ithor mit seinen Kameraden gegen die Yuuzhan Vong und war auch auf einer Kommandomission unterwegs, in der es darum ging die Königin der Voxyn zu töten. Die Mission verlief erfolgreich, aber es gab hohe Verluste unter den Jedi. Die Yuuzhan Vong dachten fälschlicherweise, dass Ganner der Anführer der Jedi bei jener Mission sei, was aber nicht er, sondern Anakin Solo war. Er wurde alleine in eine Zelle gesteckt und die anderen Jedi konnten sich beraten, ihre Flucht planen und Ganner dabei aus seiner Zelle befreien.
Einige Zeit nach der Eroberung Coruscants durch die Yuuzhan Vong begab sich Ganner auf ein Flüchtlingsschiff und spürte dabei den totgeglaubten Jacen Solo auf. Er wurde dabei jedoch außer Gefecht gesetzt und von Jacen, der nun scheinbar auf der Seite der außergalaktischen Invasoren stand, nach Coruscant mitgenommen.
Er starb schließlich auf Coruscant als er alleine gegen Massen von Yuuzhan Vong-Kriegern kämpfte, um Jacen Solo, der ihm seine wahren Absichten zwischenzeitlich erläutert hatte, das erfolgreiche Abschliessen seiner Mission zu ermöglichen...