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Als Vorsitzender der Techno Union musste sich Wat Tambor noch mehr mit der Bürokratie der Republik auseinander setzten, was sich schließlich als sehr anstrengend und für die Techno Union als kontraproduktiv herausstellte. Die Bürokratie der Republik und die Möglichkeit mehr Macht und Einfluss zu gewinnen, trieb Wat Tambor samt der Techno Union und den unzähligen dazu gehörenden Planeten und Fabriken, in die Hände von Count Dooku und seiner Konföderation Unabhängiger Systeme. Count Dooku schätze Wat Tambor hoch ein, denn durch das Beitreten der Techno Union zur KUS, erlangte die Konföderation einen Zugriff auf wichtige Industrieplaneten wie etwa Geonosis, Metalorn, Balmorra und die Werften von Fondor.
Schließlich nahm Wat Tambor, sowie andere Führer wichtiger Konzerne der Galaxis und der Republik, an einer geheimen Besprechung auf Geonosis teil. Dort wollten sie über die Zusammenarbeit der unterschiedlichen Konzerne in der Konföderation Unabhängiger Systeme verhandeln. Zudem wollten sie, unterstützt von der der Technologie Union, der Handels Föderation und des Intergalaktischen Bankenverban, über eine militärische Aufrüstung sprechen. Wat Tambor garantierte bei diesen Verhandlungen, dass er sich mit der Technologie Union, sowie deren gewaltiger Droidenarmee, der KUS für den Kampf gegen die Republik anschließen werde.
Unmittelbar nachdem die Verhandlungen erfolgreich abgeschlossen wurden, kam es zur Schlacht um Geonosis, in der die Truppen der Separatisten von der neu erschaffenen republikanischen Klonarmee besiegt wurden.
Wat Tambor selbst konnte der Schlacht nur knapp entkommen und nach Mentalron fliehen.
Nach seiner Flucht, beorderte Wat Tambor eine beträchtliche Flotte nach Xagobah, um das dort lebende technologisch rückständige Volk der Xamster zu versklaven und um den Planeten auszubeuten. Jedoch reagierte auch in diesem Fall die Republik wieder mit einem Gegenschlag und eine gewaltige republikanische Kampfgruppe wurde nach Xagobah entsandt. Durch Boba Fetts Eingreifen gelang es der Republik erneut die Konföderation zu schlagen und Wat Tambor wurde ein zweites mal von der Republik gefangen genommen. Jedoch gelang ihm auch diesmal wieder die Flucht, was allerdings von Darth Sidious begünstigt wurde.
Wenig später konnte Wat Tambor die Jedi-Meisterin Shaak Ti gefangen nehmen und auf Metalorn einsperren. Als Tambor versuchte Alderaan für die Konföderation zu gewinnen, gab der Senator und Vizekönig von Alderaan, Bail Organa nur vor den Separatisten beitreten zu wollen. In Wirklichkeit war er auf einer Mission, um die gefangene Shaak Ti aus dem Gefängnis von Metalorn zu befreien. Zum Bedauern von Wat Tambor gelang beiden die Flucht, was der Republik den Weg ebnete den Planeten anzugreifen und schließlich auch zu besetzen, woraufhin Wat Tambor erneut zur Flucht gezwungen war. [absatz Im letzten Jahr des Krieges beorderte General Grievous Wat Tambor und alle anderen Führer der KUS mit ihren Sicherheits-Flotten zu seiner Kommando-Flotte um sich zu sammeln. Dadurch wollte er den Rat der Konföderation besser schützen zu können, da bereits viele der Heimatwelten der KUS von der Republik erobert wurden. Wat Tambor sowie die anderen Ratsmitglieder wurden wenig später nach Utapau entsandt, wo sie auf die Rückkehr von General Grievous warteten, der inzwischen mit der gesammelten Flotte Coruscant angriff.
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Eine neue Bedrohung