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Sollte der Fall eintreten, dass Jedi-Offiziere entgegen den Interessen der Republik handeln und konkrete, nachweislich vom Obersten Befehlshaber (Kanzler) kommenden Order vorliegen, werden die Kommandeure der GAR diese Offiziere mit tödlicher Gewalt entfernen, und das Kommando über die GAR geht zurück an den Obersten Befehlshaber (Kanzler), bis eine neue Kommandostruktur etabliert ist.
-Order 66
Order 66 war eine von 150 Notstandsverordnungen der Großen Armee der Republik und wurde allen Klonsoldaten während der Ausbildung beigebracht. Die ARC-Trooper, Republic Commandos und Klon-Commander mussten sogar den exakten Wortlaut von Order 66 lernen.
Entwickelt wurde Order 66 für den Fall dass sich die Jedi gegen die Republik stellten und deswegen vom ihrem Posten entfernt werden sollten. Deshalb konnte Order 66 nur vom Obersten Befehlshaber der republikanischen Truppen, also vom Kanzler, erteilt werden.
Nach dem Tod der Jedi stand Skywalker zunächst unter Schock. Das nutzte Palpatine um ihn endgültig auf die dunkle Seite zu ziehen. Anschließend gab er ihm den Namen Darth Vader und schickte ihn, zusammen mit der 501. Legion, zum Tempel um dort die anwesenden Jedi zu töten.
Innerhalb der ersten Minuten von Order 66 starben mehrere Mitglieder des Jedi-Rates. So wurde Plo Koon über Cato Neimoidia von Jag abgeschossen und Stass Allie auf Saleucami von Commander Neyo getötet. Aayla Secura wurde auf Felucia von Commander Bly und seinen Offizieren erschossen während Ki-Adi-Mundi auf Mygeeto von Commander Bacara und den Galactic Marines getötet wurde.
Als Commander Cody auf Utapau Order 66 erhielt befahl er einem AT-TE auf Obi-Wan Kenobi zu feuern. Dieser überlebte allerdings den Angriff und stürzte mehrere Meter tief in einen See. Die folgende Suche nach Kenobis Leiche verlief allerdings ergebnislos.
Auch Meister Yoda, der zum Zeitpunkt von Order 66 auf Kashyyyk war, überlebte da er Commander Gree und einen weiteren Trooper tötete als sie Order 66 ausführen wollten. Anschließend floh er mit Hilfe der Wookiees.
Während die Klonsoldaten überall in der Galaxis Order 66 ausführten griffen Darth Vader und die 501. Legion den Jedi-Tempel an. Im Verlauf der Operation Knightfall genannten Mission wurden fast alle anwesenden Jedi getötet und von Darth Vader ein Notsignal programmiert. Dieses sendete der Krieg sei vorbei und alle Jedi sollten unverzüglich zurück nach Coruscant kommen.
Dieses Signal wurde wenig später von Obi-Wan Kenobi und Yoda umprogrammiert sodass alle verbliebenen Jedi gewarnt wurden.
Doch nicht alle Klonsoldaten befolgten Order 66. So dachte das Ion-Squad, welches auf Murkhana kämpfte, es handle sich um ein Missverständnis und retteten die Jedi Roan Shryne und Olee Starstone.
Daraufhin wurden sie von Commander Salvo und seinen Truppen festgenommen und schließlich von Darth Vader getötet.
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