Seit drei Jahren verbrennt die Galaxis im Feuer der Klonkriege. Hunderte Jedi sind gefallen, und nur mit Mühe ist es der Republik gelungen, die Droidenarmeen der Separatisten unter hohen Opfern in die Äußeren Randgebiete abzudrängen. Die Macht des Obersten Kanzlers Palpatine ist mit den Jahren noch größer geworden, der Galaktische Senat, einst die Stimme von Freiheit und Mäßigung, ist fast völlig verstummt.
Jetzt ist Palpatine in der Hand der Separatisten und ihrer tödlichsten Führer: von Graf Dooku, dem Dunklen Lord der Sith und ideologischen Vater der Separatistenbewegung und General Grievous, dem Oberbefehlshaber aller Droidenarmeen, einer Mischung aus Nichtmensch und Maschine.
Doch Rettung naht, denn die größten Helden der Jedi sind nicht bereit, den Kanzler kampflos preiszugeben: Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi stürzen sich mit ihren Raumjägern in die Schlacht um Coruscant. Ihr Ziel: das Flaggschiff der Separatistenflotte, die Invisible Hand. Unterstützt von ihren Klonpiloten rasen sie auf das gewaltige Schiff zu. Doch schnell gerät Obi-Wan in Schwierigkeiten: eine Rakete trifft ihn, Buzz-Droiden entern sein Schiff und fressen sich durch die Hülle des Jägers. Nur durch die meisterhaften Schüsse seines ehemaligen Padawan-Schülers Anakin, übersteht Obi-Wan den Angriff, doch sein Schiff jagt steuerungslos durchs All.
Anakin weist seines Meister an, im Hangar der Hand notzulanden und zerstört die Schutzschilde des Schiffes. Die beiden Jedi landen im Haupthangar und kämpfen sich zum gefangenen Kanzler vor - und in eine Falle, wie ihnen nur zu bewußt ist. Als die Jedi ihr Ziel erreichen, wartet dort schon der Kanzler, gefesselt auf einem Kommandostuhl, und Graf Dooku, der die beiden Jedi-Ritter drei Jahre zuvor auf Geonosis mit Leichtigkeit ausschaltete. Doch diesmal gehen Obi-Wan und Anakin gemeinsam in den Kampf. Als es Dooku dennoch gelingt, Obi-Wan bewußtlos zu schlagen, fordern Dooku und Palpatine gleichermaßen den jungen Skywalker auf, seine wahre Stärke zu entfesseln: seinen Zorn, der Pfad zur Macht der Dunklen Seite. Wider besseres Wissen folgt Anakin dem Rat Palpatines, mit machtvollen Schlägen drängt er Dooku in die Defensive und entwaffnet ihn. Wehrlos kniet Dooku vor Skywalker. "Töte ihn!", ruft Palpatine ihm zu, und Anakin gehorcht. Mit seinem eigenen Schwert und dem Schwert Dookus enthauptet er den Separatistenführer.
Anakin weiß, daß er falsch gehandelt hat, doch Palpatine erinnert ihn an das Vorkommnis mit den Sandleuten, die drei Jahre vorher Anakins Mutter getötet hatten, um dann von Anakin niedergemacht zu werden, ein Ereignis, das Anakin seinem Meister Obi-Wan nie gebeichtet hatte.
Nachdem der Kanzler von seinen Fesseln erlöst ist, beharrt Anakin darauf, den bewußtlosen Obi-Wan mitzunehmen, gegen die lautstarken Einwände Palpatines. Als Obi-Wan kurz darauf wieder zu sich kommt, machen sich die drei auf den Weg zur Brücke, wo sie eine Rettungskapsel vermuten. Auf dem Weg geraten sie jedoch in eine Falle aus Energiebarrieren. Die drei beschließen, sich scheinbar zu ergeben, um zur Brücke gebracht zu werden, wo General Grievous sie bereits erwartet.
Gefesselt stehen die Jedi und Palpatine vor dem Droidengeneral, der sie mit Hohn überschüttet. Obi-Wan kontert mit einer einfachen Befreiungsaktion, sein Lichtschwert fliegt zu ihm und durchschneidet seine Ketten, dann die seines alten Padawan. Die beiden Jedi kämpfen sich durch Grievous' MagnaGardisten, während Grievous vom Steuerdroiden erfährt, daß das Schiff große Schäden erlitten hat und auf Coruscant zu stürzen droht. Grievous stürzt sich durch eine Sichtluke der Brücke und nutzt ein Magnetseil, um zu verschwinden.
Palpatine, Erwzo, der inzwischen vom Hangar auf die Brücke vorgestoßen ist, Anakin und Obi-Wan übernehmen die Kontrolle über die Überreste der Hand. Mit knapper Not gelingt Anakin die Bruchlandung auf Coruscant, wo eine Staffel Feuerwehrschiffe das glühende, brennende Wrack des Stolzes der Separatistenflotte in Empfang nimmt.