Doch einmal mehr war der Triumph der Rebellen nur von kurzer Dauer. Palpatine hatte sogar für das Eintreten des schlimmsten Falls die nötigen Vorkehrrungen getroffen und einen seiner Wirtskörper an einem geheimen Ort auf Byss versteckt, den er indes nicht so schnell erreichen konnte.
Auch seine loyalen Truppen wussten was zu tun war: Die Operation Schattenhand sah vor, die Galaxis mit einer Serie unaufhaltsamer Angriffswellen zu unterwerfen. Ausführendes Organ der Operation war Vollstrecker Sedriss, einer von sieben Kriegern eines Elitekorps des Imperators, die der Imperator mit der dunklen Seite ausgestattet hatte und "dunke Jedi" nannte. Sedriss zog sämtliche verbliebenen Truppen zusammen und griff zuerst die Rüstungsfabriken auf Balmorra an, die viele Jahre Waffen und Kriegsmaterial für das Imperium produziert hatten, nach der Schlacht von Endor aber von der Neuen Republik befreit wurden. Doch als Sedriss über den Rüstungsplaneten herfiel, wurden seine Streitkräfte von einer großen Zahl neuer Schlachtdroiden zurückgeschlagen.
Sedriss, der den Planeten mit seinen Sternzerstörern verwüsten konnte, ließ sich aber auf einen unsicheren Waffenstillstand ein, erbot sich, die neuen Waffen zu kaufen, und setzte den Zeitpunkt und Ort der Lieferung fest. Doch die Waffenhändler hatten niemals die Absicht, auf diesen erzwungenen Handel einzugehen und informierten die Rebellen. Wedge Antilles schlug vor die Schlachtdroiden nach Byss liefern zu lassen, aber es sollte sich ein Rebellentrupp im Inneren verstecken, der auf Byss die Kontrolle über die Droiden übernehmen und die Zitadelle des Imperators angreifen würde, mit einem Sieg wäre der Krieg beendet. Bei seiner Rückkehr nach Byss fand Sedriss heraus, dass zwei der dunklen Jedi zu Verrätern geworden waren und die Zerstörung der Klon-Laboratorien vollendet hatten, um ohne Furcht vor Palpatines Wiederkunft selbst über das Imperium herrschen zu können. Sedriss tötete die Saboteure und erlebte schließlich die erneute Wiedergeburt des Imperators in dessen einzig verbliebenem Wirtskörper. Zur Belohnung seiner Treue wurde Sedriss mit der Mission betraut, Luke Skywalker aufzuspüren und ihn lebend vor den Imperator zu zerren.
Duch das Holocorn hatte Luke Skywalker von der Existenz eines weiteren überlebenden Jedi erfahren und war in die verlassene Weltraumstadt Nespis VIII gereist, wo er Kam Solusar fand, einen gefallenen Jedi, den er unter großen Schwierigkeiten von der dunklen Seite befreien konnte. Skywalker und Solusar, die beide sehr wohl wussten, dass die noch junge Neue Republik Jedi-Ritter brauchte, folgten den durch das Holocron vermittelten Erkenntnissen und flogen zu der Bibliothekswelt Ossus, die viertausend Jahre zuvor während des Sith-Krieges verwüstet worden war. Dort stießen sie inmitten der verbrannten Trümmer auf eine Hand voll primitiver Schamanen, die Ysanna, die eine schwache und ungeformte Begabung für den Gebrauch der Macht an den Tag legten. Die Ysanna verehrten einen riesigen krummen Baum, der zwischen den Ruinen wuchs.
Doch ehe Skywalker und Solusar ihre Suche nacht wertvollen Informationen zum Abschluss bringen konnten, kam ihnen der Sedriss auf die Spur. Aber die Jedi konnten den Angriff seiner Schocktruppen gemeinsam mit den Ysanna-Kriegern zurückschlagen. Daraufhin nahm Sedriss eine junge Ysanna, Jem, als Geisel, doch plötzlich wurde er von den Ästen und Wurzeln des merkwürdigen Baums angegriffen.
Der Baum war niemand anderes als der uralte Jedi-Meister Ood Bnar, der in einer letzten Konfrontation sich selbst und Sedriss vernichtete. Skywalker fand unter den Überresten des toten Baumjedi einen kostbaren Vorrat alter Lichtschwerter. Er und Solusar sahen darin ein gutes Omen und erlaubten zwei jungen Ysanna, Jem und ihrem Bruder Rayf, sie zu begleiten, um sie später in die Künste der Jedi einzuführen. Leia, die ebenfalls darauf aus war, neue Jedi-Ritter ausfindig zu machen, stieg indessen mit Han und Chewie in die Unterwelt von Nar Shaddaa hinab, um dort die gefallene und heimatlose Jedi Vima-Da-Boda aufzuspüren. Sie fanden Vima und nahmen sie unter zahlreichen Mühen mit Boba Fett mit nach Neu Alderaan, dem geheim gehaltenen Planeten, auf dem die Solo-Zwillinge Jaina und Jacen nach dem Verlust von Coruscant in Sicherheit gebracht worden waren. Unterwegs stießen sie auf einen weiteren Jedi-Krieger namens Empatojayos Brand, der während eines früheren Kampfes gegen Darth Vader einen großen Teil seines Körpers eingebüßt hatte. In der Zwischenzeit bereiteten sich Calrissian und Wedge zusammen mit einer Gruppe Rebellen darauf vor die Zitadelle des Imperators auf Byss anzugreifen. Sie hatten sich im Inneren, der Schlachtdroiden versteckt, die mit dem Imperialen Sternentransporter Vertrauen nach Byss befördert wurden. Doch die Schlachtdroiden wurden kurz vor der Zitadelle von riesigen Mutantenbestien zu Kleinholz verarbeitet und die Rebellen konnten nur mit Hilfe von Salla Zend entkommen.
Palpatine hatte die Rebellen aber nur entkommen lassen damit sie ihm den Standort der Pinnacle-Basis verraten und er seine schreckliche neue Waffe das Galaxisgeschütz einsetzten konnte. Diese Waffe, die im Orbit von Byss in Stellung gebracht wurde, konnte Hyperraumprojektile in alle Teile der Galaxis verschießen und jedes beliebiges Ziel ohne Vorwarnung zerstören. Palpatine feuerte in der Hoffnung, die Rebellen mit einem Schlag vernichten zu können, das erste Projektil auf die Pinnacle-Basis ab. Doch die Rebellen hatten zuvor damit gerechnet, da sie auf Byss so einfach entkommen konnten. So brach der Widerstand unmittelbar vor der Zerstörung der Basis mit einer Armada schwerer Transporter in den Weltraum auf. Der Imperator feuerte weitere tödliche Geschosse ab, verwüstete widerspenstige Welten und zwang die Opposition in die Knie. Skywalker und seine Gefährten flogen, da die Pinnacle-Basis zerstört war, nach Neu Alderaan zu Han und Leia. Doch die Eingreiftruppe des Imperators schlug auch dort zu, vergiftete Skywalker, der jedoch dank der besonderen Gabe von Vima-Da-Boda gerettet werden konnte und tötete Jem Ysanna. Die Überlebenden flohen in die heruntergekommene Weltraumstadt Nepsis VIII. Leia Organa Solo brachte dort ihr drittes Kind zur Welt, das sie nach ihrem Vater Anakin nannte.
Obschon Palpatines Eroberungszug zunächst erfolgreich schien, ließ ihn sein zuletzt geklonter Körper immer mehr im Stich, alterte rapide und wurde durch das Wirken dunkler Machtkräfte innerlich aufgefressen. Auf Ossus nahmen Palpatines dunkle Jedi drei Ysanna-Schamanen gefangen um neue Wirtskörper für ihn zu schaffen, doch Luke Skywalker und seinen Jedi gelang es die Schamanen zu befreien.
In der Zwischenzeit hatten imperiale Spione das jüngste Versteck der Rebellen ausfindig gemacht, und Palpatine ließ ein weiteres Projektil aus seinem Galaxisgeschütz abfeuern. Die überlebenden Kräfte der Neuen-Republik entkamen wiederum nur kurz vor der Zerstörung der uralten Stadt im Weltraum. Die reichlich zerzausten Überreste der eingeschüchterten Allianz flohen in kleinen getrennten Gruppen und wurden über die Galaxis verstreut. Palpatine, der immer noch keinen neuen Körper gefunden hatte machte sich auf die Suche nach einer Antwort und reiste auf die Sith-Begräbniswelt Korriban, wo ihm die Geister gefallener Dunkler Lords lediglich mitteilten, dass er einen anderen Körper eines Jedi, finden müsse.
Dann sagten sie ihm, wo er den neu geborenen Anakin Solo, ein außergewöhnlich machtsensitives Kind, finden würde. Der Imperator flog mit seinem riesigen neuem Flaggschiff der Eclipse II, nach Onderon, wohin die Solos ihre drei Kinder in Sicherheit gebracht hatten. Und während die Verteidiger der Neuen Republik den imperialen Moloch in der Umlaufbahn angriffen, begaben sich Skywalker und seine Gefährten auf die Suche nach dem Imperator. Doch sie fanden ihn nirgendwo an Bord des Flaggschiffs, da er listig einen Köder ausgelegt und sich in Leia Organa Solos Versteck eingeschlichen hatte.
Lando Calrissian drang während der Weltraumschlacht in das gewaltige Flaggschiff ein und sabotierte mit Hilfe der speziellen Computerkenntnisse R2-D2s den automatisierten Hyperantrieb. Die Eclipse II sprang darauf hin in den Hyperraum. R2-D2 hatte die Koordinaten so berechnet, dass sie genau mit denen des Galaxisgeschütz übereinstimmten, dass sich das außer Kontrolle geratene imperiale Flaggschiff in die riesige Waffe bohrte und das letzte scharf gemachte Projektil trudelte ohne Steuerung davon, wurde von der Schwerkraft des Planeten Byss angezogen, detonierte und verwandelte die Zentralwelt des Tiefkerns in Weltraumschutt.
Die Entscheidungsschlacht fand jedoch auf der Oberfläche von Onderon statt. Palpatine, der kaum noch fähig war, seinen wunden Körper zu bewegen, griff noch immer auf seine Sith-Fähigkeiten zurück, um sich an den Wachen vorbei zu mogeln. Ungeachtet der Schäden, die er damit sich selbst zufügte, trat er Leia gegenüber und forderte ihr Kind als nächstes Gefäß seines Geistes. Sie wehrte sich, kam aber nicht gegen die Dunkle Macht des Imperators an.
Doch ehe Palpatine den Säugling Anakin in seine Gewalt bringen konnte, trafen Luke Skywalker und die übrigen Jedi ein und stellten sich zum Kampf an ihrer Seite. Dabei wurden der junge Rayf Ysanna sowie der Cyborg-Jedi Empatojayos tödlich verwundet. Skywalker, der nicht zuließ, dass er sich seinem Zorn ergab, versuchte Palpatine lebend zu bekommen, aber Han Solo erschoss den alten Mann mit seinem Blaster.
Als der Imperator einmal mehr dem Tode anheim fiel, unternahm er einen letzten Versuch, seinen Geist in den kleinen Anakin zu versetzen, wurde jedoch von dem sterbenden Empatojayos Brand aufgehalten, der die dunkle Präsenz des Imperators in seinem eigenen Körper gefangen hielt, während beide Männer verschieden. Erst jetzt, da all seine Klone vernichtet waren, war Palpatine endgültig und wahrhaftig besiegt. Die verwirrte Imperiale Flotte zog sich ohne Befehl zurück und verließ Coruscant und die anderen Kernwelten. Mon Mothma verbreitete unverzüglich die Nachricht, dass die Neue Republik die Kontrolle zurück gewonnen hatte.
Die Informationen und Bilder stammen aus Star Wars - Die ultimative Chronologie von Heyne und den "Das dunkle Imperium" Comics von Carlsen.