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Als er auf seinem Heimatplaneten zurückkehrte, sah er seinen Vater wieder, den er sehr lange vermisst hatte.
Crion beschwor Xanatos, ihn in seinem Machtkampf zu unterstützen. Xanatos stimmte schließlich zu und Crion begann einen verheerenden Bürgerkrieg.
Später tötete Qui-Gon Crion und wurde daraufhin von Xanatos angegriffen, der den Tod seines Vaters mit ansehen musste.
Obwohl er den Kampf mit Xanatos gewann, konnte Qui-Gon seinen ehemaligen Schüler nicht töten, Xanatos floh und trat schließlich aus dem Orden der Jedi aus.
Einige Zeit später verfiel er der dunklen Seite ,als es ihm mithilfe der Macht gelang Vorsitzender der Offworld Mining Corporation zu werden.
Xanatos verschwand daraufhin für einige Zeit.
Sein nächster Schlag gegen die Jedi fand im Jedi Tempel selbst statt und begann mit einem Anschlag auf das Leben von Jedi-Meister Yoda. Mithilfe des Schülers Bruck Chun, den er zur dunkle Seite verführt hatte, löste er im Tempel den Ausnahmezustand aus und entführte Bant Eerin, eine Mon Calamari und gute Freundin von Obi-Wan.
Diese Ablenkung wollte er ausnutzen um die Schatzkammer der Jedi zu plündern.
Doch Qui-Gon und Obi-Wan erwarteten Xanatos dort bereits. Qui-Gon trat gegen seinen früheren Schüler an, ließ ihn jedoch entkommen, weil er aus dem, was Xanatos siegessicher zu ihm sagte, deutete, dass es eine Falle gab, die den Jedi Tempel zerstören würde. Diese Falle konnte schließlich deaktiviert werden.
Xanatos zog sich auf seinen Heimatplaneten Telos zurück. Als Qui-Gon und Obi-Wan ihm folgten, mussten sie feststellen, dass Xanatos großen Rückhalt in der Bevölkerung des Planeten besaß und zugleich noch ein riesieges Vermögen dabei machte.
Er ließ seine Firma Offworld in den geheiligten Orten seltene Mineralien abbauen und vertuschte dies mit dem Argument sie zu restaurieren. Eine zusätzliche Ablenkung war die Lotterie Katharsis, womit die Bevölkerung sich fortan beschäftigte. Als Qui-Gon und Obi-Wan mit Hilfe zweier Telosianer den Betrug aufdeckten, floh Xanatos in das Minengebiet, um dort mit einem seiner Frachter den Planeten zu verlassen.
Dies war das Ende von Xanatos, doch was er zurückließ sollte noch eine große Rolle spielen:
Niemand wusste zu diesem Zeitpunkt, dass Xanatos einen Sohn hatte, Granta Omega...
Die geheimnisvolle Macht
Der dunkle Rivale
Der Ungewisse Weg
Der bedrohte Tempel
Der Tag der Abrechnung
Im Netz des Bösen (nur erwähnt)