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Als Alaric während der Klonkriege eine zunehmende Korruption innerhalb der Republik erkannte, fasste er den Entschluss sich von der Republik abzuwenden um sich Count Dooku und der KUS anzuschließen. Zu Beginn versuchten Kanzler Palpatine und Yoda noch mit König Alaric zu verhandeln. Als diese jedoch scheiterten schickte man ein Kontingent Klonkrieger unter dem Kommando der Jedi-Meister Tyffix und Tyr nach Thustra. Begleitet wurden die beiden Jedi von ihren Padawanen Cal und Pix.
Die Truppen sollten Kämpfe mit den einheimischen Sephi unter allen Umständen vermeiden, um die Lage nicht eskalieren zu lassen. Doch nachdem die Klonarmee einen Außenposten erichtet hatte, wurden die Klone entlang der südlichen Frontlinie angegriffen. Kurz darauf gelang es einem Selbstmordattentäter die Verteidigung der Klontruppen zu durchbrechen und verübte einen Anschlag auf das Kommandozelt der republikanischen Truppen, bei dem Tyffix und Tyr ihr Leben verloren.
Als man auf Coruscant über die Geschehnisse auf Thustra informiert wurde, entschied Yoda diese Mission persönlich anzuführen. Er hoffte durch seine Freundschaft zu Alaric weiteres Blutvergießen vermeiden zu können.
Nach seiner Ankunft begab sich Yoda zusammen mit Cal in den königlichen Palast von Alaric, währenddessen sollten Pix und Kommandant Clutch die Stellung halten. Die Verhandlungen blieben jedoch erfolglos und die beiden Jedi gerieten in Gefangenschaft. In weiteren Gesprächen mit Alaric erfuhr Yoda das sich dieser wieder der Republik anschließen wollte, sobald die Korruption beseitigt sei. Später bemerkte Yoda das Cal einen Ausbruch plante. Bei ihrer Flucht gerieten sie in einen Hinterhalt der Sephi. Während des folgenden Kampfes verlor Cal sein Leben, Yoda hingegen konnte alle Angreifer zurückschlagen und suchte Alaric für weitere Gespräche auf.
Gleichzeitig überbrachte Senator Navi den Truppen von Pix die Nachricht über den vermeintlichen Tod Yodas. Im Glauben das Kommando über die Streitkräfte zu haben befahl Pix einen Angriff auf den königlichen Palast. Als Alaric vom laufenden Angriff erfuhr zog er seinn Blaster und versuchte Yoda zu töten, dieser konnte die Schüsse mit seinem Lichtschwert parieren und warf sie zurück zu Alaric. Dieser wurde tödlich verwundet, woraufhin die Sephi die Waffen niederlegten.
Zwar gelang es der Republik die Schlacht zu gewinnen, doch es gelang ihr nicht Thustra wieder unter republikanischen Einfluss zu bringen. Stattdessen verbündeten sich die benachbarten Systeme mit den Sephi, um sich zum Trotz gegen die Republik zu stellen...