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Als die Jedi Qui-Gon Jinn und dessen Padawan Obi-Wan Kenobi auf dem Droidenkontrollschiff ankamen, auf dem sich der Anführer Nute Gunray aufhielt, wurde ein Giftgas-Anschlag auf die Jedi ausgeübt, nachdem klar wurde, dass die Jedi mit Machtkräften alles erreichen könnten. Diesem Anschlag konnten die Jedi jedoch durch ihre Atemgeräte standhalten. Die Jedi wurden also durch das Schiff gejagt und mussten auf den Planeten fliehen. Sie Versteckten sich an Bord eines MTTs, einem der Droidentranporter, die die Naboo angreifen sollten, wie die Jedi sofort erkannten.
Um die Handelsföderation zu schlagen, entwickelten Königin Amidala und ihre Verbündeten einen gewagten und riskanten Plan. Während die Gunganer die Kampfdroiden-Armee der Handelsföderationen ablenken sollten, drangen die Naboo und die Jedi in den Palast von Theed ein, indem sie sich an der Außenwand des Palastes in die Gänge schlichen und sich den weiteren Weg zum Hauptteil freikämpften. Im Palast bekämpften die Jedi den Sith Darth Maul, der von seinem Meister, Darth Sidious, geschickt worden war, um sicherzustellen, dass die Handelsföderation die Kontrolle über Naboo übernahm.
In der Schlacht von Naboo mussten die Freiheitskämpfer schwere Verluste hinnehmen, waren aber letztlich siegreich. Die Gunganer kämpften tapfer, bis sie von den Kampfdroiden und Droidekas überrannt und gefangen genommen wurden. Darth Maul ermordete Qui-Gon Jinn, konnte dann aber von Obi-Wan Kenobi bezwungen werden. Königin Amidala und ihrem Gefolge gelang es, Nute Gunray gefangenzunehmen, der zuvor versucht hatte, sie im Thronsaal festnehmen zu lassen, um den Vertrag über die Handelsbeziehung der Naboo zur KUS zu unterzeichnen. Schließlich flog Anakin Skywalker in den Haupthangar des Droidenkontrollschiffes und zerstörte diesen durch einen Zufallstreffer auf den Hauptreaktor. Die daraus resultierende Kettenreaktion zerstörte das gesamte Schiff, woraufhin die von dort gesteuerte Droidenarmee funktionsunfähig wurde, die Gunganer waren also außer Gefahr.
Das Ergebnis der Schlacht von Naboo wurden Nute Gunray und sein Stellvertreter, Rune Haako, Gefangene der Republik. Gunganer und Naboo schlossen Frieden, und Anakin Skywalker wurde Obi-Wan Kenobis Jedi-Padawan...