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Hauptsächlich waren die Republic Commandos der SO Brigade zugeordnet. Es dienten aber auch die Klon-Geheimdiensteinheiten, also die Null ARC-Trooper unter dem Befehl von Sonderberater Kal Skirata, in ihr. Außerdem dienten noch einige ARC-Trooper in der Brigade.
Der größte Unterschied zur regulären Klonarmee war, dass die in ihr dienenden Einheiten nicht von einem Jedi General in den Kampf geführt wurden. Durch ihre Ausbildung und die Tatsache das die Kaminoaner ihre Gene kaum verändert hatten, konnten die Republic Commandos, Null ARC-Trooper und ARC-Trooper ihre Aufgabe selbstständig und ohne Unterstützung von außen erledigen. Dies war erforderlich weil die Einsatzziele oft weit hinter den feindlichen Linien lagen.
Haupteinsatzgebiete der SO Brigade waren dabei Aufklärung, Informationbeschaffung, Sabotage, Infiltrationen, Anti-Terror-Operationen und die Vorbereitung größerer Operationen der Klonarmee.
Ursprünglich bestand die Einheit aus zehn Bataillonen, also ca. 10.000 Klonen. Ein Jahr nach der Schlacht um Geonosis wurden die 10 Bataillone in 10 Kommandogruppen umgewandelt. Dies wurde nötig weil im ersten Kriegsjahr die Hälfte der insgesamt 10.000 Republic Commandos starb.
Kommandogruppe
500 Mann bzw. 5 Kompanien, die das Gegenstück zu einem Bataillon der regulären Armee darstellen.
Kompanie
100 Mann bzw. 5 Schwärme
Schwarm
20 Mann bzw. 5 Trupps (Squads)
Trupp (Squad)
4 Mann