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Dies führte dazu, dass die ARCs die Befehle der Jedi durchaus in Frage stellten oder ihnen widersprachen.
Alpha machte dabei keine Ausnahme, er räumte den Anweisungen, die er im Rahmen von Jangos Ausbildung erhalten hatte, oberste Priorität ein. Er war bereit, den Jedi offen die Meinung zu sagen, und hatte auch keine Probleme damit, ihre Entscheidungen oder Befehle zu kritisieren.
Nach dem Ende seiner Ausbildung wurde Alpha zusammen mit den anderen ARC-Troopern in Stasis versetzt, da man befürchtete, man könne sie nicht befehligen. Deshalb nahm auch keiner der ARCs an der Schlacht um Geonosis teil.
Erst als die KUS Kamino angriff, entschied sich man sich, Alpha und die anderen ARC-Trooper aus der Stasis zu erwecken, um Tipoca City zu verteidigen.
Während dieser Schlacht fiel den Jedi zum ersten Mal auf, dass es sich hier um keinen gewöhnlichen Klonsoldaten handelte.
Im Verlauf des Krieges nahm Alpha an vielen Missionen teil. Unter anderem war er auf Ohma D'un, einem von Naboos Monden, im Einsatz. Dort zerstörte er ein mit Gift gefülltes Raumschiff, das nach Naboo fliegen sollte.
Während dieses Einsatzes gab ihm Anakin Skywalker auch den Namen Alpha.
14 Monate nach der Schlacht um Geonosis nahm er zusammen mit Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi an der Schlacht um Jabiim teil. Die Schlacht wurde zu einer der größten Niederlagen der Republik im gesamten Krieg. Es starben 9.000 Klontrooper und unzählige Jedi. Alpha wurde zusammen mit Obi-Wan von Assajj Ventress und ihren Truppen gefangen genommen. Erst nach zweimonatiger Gefangenschaft gelang den beiden die Flucht.
Kurze Zeit später wurde er nach Kamino zurück beordert, um ein spezielles Trainingsprogramm zu leiten. Im Rahmen dieses Programms wurden die 100 besten Klon-Commander zu sogenannten ARC-Kommandanten ausgebildet. Ziel des Programms war es, Eigenständigkeit, unorthodoxes Verhalten und Individualität zu fördern, um die Jedi-Genräle beim Kommandieren zu entlasten.
Außerdem wurden alle Teilnehmer des Programms aufgefordert, sich und ihren Untergebenen Namen zu geben, was den Zusammenhalt innerhalb der Armee weiter stärkte.
Alphas letzter Einsatz fand zwei Jahre und sieben Monate nach Geonosis auf Boz Pity statt. Im Verlauf der Schlacht traf Alpha auf General Grievous. Dieser verletzte ihn schwer, als er Alphas Wirbelsäule mit einem Lichtschwert durchtrennte.
Gleichzeitig wurde Assajj Ventress von Obi-Wan im Kampf besiegt; dieser war jedoch nicht in der Lage, ihr einen letzten, tödlichen Schlag zu versetzen. Nachdem sie Obi-Wan davon überzeugt hatte, kurz vor ihrem Tod doch noch zur hellen Seite der Macht gefunden zu haben, stellte sie sich tot. Dafür reduzierte sie ihre Körperfunktionen mit Hilfe der Macht auf ein Minimum.
Ihre vermeintliche Leiche wurde zusammen mit dem verwundeten Alpha an Bord eines Transporters gebracht. Als sich das Schiff im Weltraum befand, zwang sie die Piloten, ihren Kurs zu verlassen und in den Hyperraum zu springen.
Seither gelten Ventress und Alpha, der sich ebenfalls an Bord befand, als spurlos verschwunden...