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Die Phase-II-Rüstung wurde ab der zweiten Hälfte der Klonkriege eingesetzt, sie war die Weiterentwicklung der Phase-I-Rüstung . Bei ihr wurden viele der Grundlegenden Mängel des Vorgängermodells behoben, die wohl auffälligste Änderung fand bei der Farbgebung statt, wurde die Phase-I-Rüstung noch nach den Rängen des Trägers farbig markiert, so gestaltet jetzt jede Einheit ihre Rüstung individuell. Das stärkte den Zusammenhalt innerhalb der Klonarmee noch weiter, so gab es Gelbe, Blaue, Orange, Rote und Grüne Farbmarkierungen.
Einige Klone und sogar ganze Einheiten passten die Phase-II-Rüstung ihren speziellen Einsatzwecken an. Commander Bacara und die Galactic Marines etwa, versahen ihre Rüstung mit einem zusätzlichen Atemfilter. Viele Offiziere versahen ihre Rüstung zusätzlich noch mit einem Kama um ihren Rang hervorzuheben.
Auch die anatomischen Probleme wurden gelöst, so war es nun deutlich einfacher zu sitzen und die Piloten der Fahrzeuge erhielten deutlich mehr Bewegungsfreiheit. Die Widerstandsfähigkeit gegen Splitter und Schrapnelle wurde erhöht da man im Verlauf des Krieges feststellte das die Droiden nach ihrer Zerstörung in viele, oftmals gefährliche, Einzelteile zerfielen, gleichzeitig wurde die Rüstung aber leichter als ihr Vorgängermodell.
Die wichtigste Verbesserung für die Klone war aber die Verbesserung der elektronischen Systeme. Da EMP-Granaten, welche eigentlich zum Ausschlaten der Droiden gedacht waren, oft genug die hochsensible Elektronik der Helme störte.
Weitere Änderungen waren das Abschaffen des auf dem Helm sitzenden Kamms welcher die Kommunikationsantenne beinhaltete, diese wurde in die Helmsysteme integriert. Und auch der Atemfilter wurde verbessert und in seiner Form verändert...