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Die Eclipse II verfügte über die gleiche Anzahl an Waffen, Besatzung, Raum- und Bodeneinheiten und den Superlaser des ersten Supersternzerstörers. Wann mit ihrem Bau begonnen wurde, ist unklar, da sie bereits wenige Monate nach der Zerstörung der Eclipse im Jahre elf nach der Schlacht um Yavin als neues Flaggschiff Palpatines einsatzbereit war. Es ist möglich, dass sie simultan zur Eclipse unter gleichem Namen in einer anderen Werft konstruiert wurde, ähnlich der Executor und der Lusankya, und weder die Ingenieure, noch die Arbeiter vom jeweils anderen Schiff etwas ahnten. Dies sind allerdings nur Vermutungen. Palpatine flog mit der Eclipse II nach Korriban, um mithilfe der alten Sith-Geister seinen letzten Klonkörper vor dem Zerfall zu retten. Wenig später war die Eclipse II an der Schlacht um Onderon beteiligt. Während der Schlacht gelangte ein Team der Neuen Republik an Bord der Eclipse, und R2-D2 schickte das Schiff durch den Hyperraum nach Byss. Als das riesige Schiff über Byss aus dem Hyperraum fiel, befand es sich auf direktem Kollissionskurs mit dem Galaxis-Geschütz.
Die Imperialen versuchten verzweifelt, die Flugbahn der Eclipse II zu ändern, doch es war zu spät. Die Eclipse durchbohrte das Geschütz, und beide Superwaffen wurden zerstört, während ein letztes abgefeuertes Projektil des Galaxis-Geschützes den Planeten Byss in seine Bestandteile zerlegte...