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Doriana verhandelte mit Thrawn und erklärte, warum er im Chiss-Raum sei und was die Bedrohung durch die Jedi bedeutete. Thrawn sah zwei Dinge nach diesem Gespräch: Die Notwendigkeit, die Jedi zu 'entfernen', und auch die Richtigkeit von Palpatines geplanter neuer Ordnung. Er stimmte zu, dass Doriana nach Coruscant zurückkehrte und zerstörte das Projekt (welches unter Anderem auch von Palpatine eingefädelt worden war, mit dem Hintergedanken, mittels eines Schlages, einige namhafte Jedi weniger in der Galaxis zu haben).
Palpatine versuchte die nächsten Jahre vergeblich, Thrawn zu finden, um dessen militärisches Genie seiner eigenen Flotte hinzuzufügen. Thrawn unterdessen hatte vom Imperium den Nutzen von militärischen Schlägen gegen nicht vorgewarnte Gegner erlernt, welche die Mehrheit der Chiss jedoch als eine abstoßende Form von Mord betrachteten. Deshalb wurde Thrawn nach einer besonders blutigen Auseinandersetzung ins Exil geschickt. Außerdem wurde Thrawn von den regierenden Chiss seines Ranges enthoben und zusätzlich wurde ihn sein Besitzes aberkannt. Anschließend brachten sie ihn auf eine unbewohnte Welt nahe des imperialen Raumes.
Dort fand Captain Voss Parck Thrawn und überzeugte ihn, nach Coruscant zu kommen um Palpatine zu dienen. Thrawn bekam eine private Schulung auf einer Imperialen Militärakademie, wurde kurz nach der Schlacht um Yavin zum Captain befördert und stieg, als einer der wenigen Nichtmenschen in der Imperialen Flotte, rasch die Karriereleiter hinauf.
Als Darth Vader vom Imperator den Auftrag bekam, sich um Luke Skywalker zu kümmern, beauftragte er Thrawn damit, der ' Wächter' der Noghri vom Planeten Honoghr zu sein. Dies führte zu Thrawns Beförderung zum Vize-Admiral.
Als Vize-Admiral überwachte er die Entstehung eines imperialen Stützpunktes im Pakuuni-System, unterstützte dann die Verteidigungmaßnahmen gegen Großadmiral Zaarins Verrat am Imperium. Allerdings konnte Thrawn Zaarin nicht töten, bevor dieser in den Hyperraum sprang.
Als der Imperator und Vader noch lebten und Thrawn schon zum Grand Admiral aufgestiegen war, beauftragte Vader ihn einen Plan zu entwickeln, bei dem er den Rebellen und der Schwarzen Sonne gleichzeitig schaden konnte. Thrawn ließ daraufhin einen getarnten Rebellenfrachter kapern und erteilte den Auftrag, eine Lieferung Gewürze und Edelsteine nach Corellia zu transportieren. Er selbst leitete diese Mission als Jodo Kast (in einer mandalorianischen Ganzkörperrüstung). Er machte die schwarze Sonne darauf aufmerksam, dass der Frachter eine wertvolle Ladung besäße und brachte einen Teil seiner Mannschaft in Gefangenschaft. Corran und Hal Horn, die sich diesem Trupp angeschlossen hatten, erledigten nach ihrer Flucht (bei der Thrawn ihnen half) den hießigen Anführer der Schwarzen Sonne. Thrawn, der das Imperium informiert hatte, ließ den folgenden Großangriff nach einem Rebellenaufspürkommando aussehen. Nach ihrer Rückkehr ließ Thrawn einen Sender an der getarnten Rebellenfracht befestigen und verfolgte so die Rebellen zu ihrer geheimen Basis.
Während einer politischen Versammlung im Kreise Palpatines leistete Thrawn sich eines seiner wenigen falschen Urteile und landete auf der falschen Seite einer Debatte. Er stand plötzlich gegen den Willen des Imperators. Das ärgerte Palpatine und gab ihm einen Grund, Thrawn in die Unbekannten Regionen zu schicken, um sie zu erforschen.
Während Thrawn dort war, errichteten er und Parck die große Basis 'Hand von Thrawn' auf Nirauan und statteten diese mit Chiss-Militärs aus, die Thrawn nach wie vor unterstützten. Während dieser Zeit eroberten sie einige Sektoren und es wären sicherlich noch mehr geworden, wenn Palpatine nicht bei Endor gestorben wäre. Thrawn beschloss, diese Chance wahrzunehmen, befestigte die 'Hand', ließ Parck dort und kehrte etwa 5 Jahre nach Endor in die bekannten Regionen der Galaxis zurück. Er sagte Parck und den Chiss, dass sie, sollte er jemals für tot erklärt werden, zehn Jahre auf ihn warten sollten.
Auf den Befehl Thrawns hatten Fel und Parck einen Klon von ihm gefertigt, der zum Ablauf der vom Großadmiral festgelegten 10 Jahres-Frist fertiggestellt sein sollte. Der Klon wurde allerdings niemals aktiviert da Luke Skywalker und Mara Jade dies verhindern konnten...
Zahn(Thrawn)-Trilogie (1) - Erben des Imperiums
Zahn(Thrawn)-Trilogie (2) - Die dunkle Seite der Macht
Zahn(Thrawn)-Trilogie (3) - Das letzte Kommando