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Die große Jedi-Säuberung, gemeinhin als Jedi-Säuberung bekannt, war der Versuch des Sith Lords Darth Sidious, den Jedi-Orden zu vernichten und alle Jedi der Galaxis zu töten. Es war der zweite bekannte Versuch der Sith, die Jedi zu vernichten. 3956 Jahre vor der Schlacht um Yavin wurden die Jedi während der ersten Jedi-Säuberung an den Rand der totalen Vernichtung getrieben. Die große Säuberung begann mit der Erteilung der Order 66 durch den obersten Kanzler Palpatine und endete mit der Schlacht um Yavin. Sie wird auch als Beginn des galaktischen Bürgerkrieges angesehen.
Nachdem der Jedi-Rat von der Zerstörung General Grievous' erfahren hatte, machten sich die Jedi Mace Windu, Agen Kolar, Saesee Tiin und Kit Fisto gerade auf den Weg zu Palpatine, als ihnen Anakin Skywalker eine schockierende Wahrheit enthüllte: Palpatine war Darth Sidious, der dunkle Lord, nach dem sie seit Ausbruch der Klonkriege fieberhaft gesucht hatten. Fest entschlossen, den Sith zu verhaften, gingen die 4 Jedi-Meister zu Palpatines Büro. Dort angekommen, zückte Palpatine nach einem kurzen Wortgefecht sein Lichtschwert und tötete innerhalb weniger Augenblicke bis auf Mace Windu alle Jedi-Meister. Dieser war augenscheinlich stärker als Palpatine, entwaffnete diesen und machte sich zum finalen Schlag bereit, als Anakin plötzlich erschien. Hin- und hergerissen zwischen seiner Zugehörigkeit zum Jedi-Orden und den Versprechungen Palpatines, schlug Anakin Mace die Hand ab und Palpatine schleuderte ihn mit Machtblitzen aus dem Fenster in den Tod. Anakin wurde direkt darauf zum neuen Schüler Palpatines und erhielt den Sith-Namen Darth Vader. Palpatine erklärte daraufhin seinem Schüler, dass die Jedi Verräter seien, die versucht hatten, die Kontrolle über die Republik an sich zu reißen und die nun ausgeschaltet werden müssten.
Anakin wurde von seinem neuen Meister gemeinsam mit der 501. Legion zum Jedi Tempel geschickt, um dort alle Jedi zu töten. Sidious selbst kontaktierte währendessen die Klonkommandanten, die überall in der Galaxis verstreut mit ihren Jedi-Generälen kämpften und gab ihnen die Order 66, welche die Jedi als Verräter und Feinde der Republik entlarvten. Überall in der Galaxis wurden die Jedi von den Klonen, mit denen sie 3 Jahre lang gemeinsam gekämpft hatten, heimtückisch getötet. Auf Felucia starb Aayla Secura, auf Saleucami Stass Allie, auf Mygeeto Ki-Adi Mundi. Darth Vader erschlug im Jedi Tempel ohne Gnade seine einstigen Brüder, von Schwertmeister Cin Drallig bis hin zu den wehrlosen Jünglingen. Innerhalb weniger Stunden war der Orden der Jedi, der aus über zehntausenden bestand, fast gänzlich zerstört worden. Palpatine rief noch am selben Tag das erste galaktische Imperium mit sich als Imperator aus und legitimierte den Mord an den Jedi durch den angeblichen Attentatsversuch an ihm selbst. Der Senat nahm seine Erklärung ohne ein Widerwort zur Kenntnis und die Zeit, als die Jedi noch die Hüter des Friedens und der Gerechtigkeit waren, war zu Ende.
Etwa 4 Wochen nach der Gründung des Imperiums, trafen sich mehrere überlebende Jedi der Order 66 auf Kessel, um das weitere Vorgehen gegen das Imperium und die Sith zu besprechen. Zum Konklave von Kessel kamen Tsui Choi, Bultar Swan, Shadday, Roblio Darte, Sia-Lan Wezz, Ma'Kis'Shaala und Jastus Farr. Vader erfuhr von diesem Treffen und erhielt die Information, sein alter Meister Obi-Wan Kenobi würde auch an diesem Treffen teilnehmen. Shadday hatte das ganze Treffen geplant, um gemeinsam gegen den Sith Lord vorzugehen. Doch Vader tötet alle 8 Jedi, wenngleich er dabei schwer verwundet wurde und ihm die 501. zu Hilfe eilte. Schnell verbreitete sich das Gerücht Vader hätte eigenhändig ein Nest von 50 Jedi ausgelöscht und Imperator Palpatine ließ sich dieses Gerücht weiter verbreiten, um die Angst der Bürger des Imperiums vor Vader noch zu stärken.
Kurz darauf unternahmen mehrere Jedi unter Führung von Olee Starstone den Versuch, überlebende Jedi zu finden. Auf Kashyyyk erfuhren sie, dass Meister Yoda noch am Leben sein könnte, doch bevor sie sich auf die Suche nach ihm machen konnten, riegelte das Imperium den Planeten ab und begann eine Invasion. Angeführt wurde die Operation von Mufti Tarkin, der die Wookiees als Sklaven für das Todesstern-Projekt nutzen wollte und Darth Vader, der von weiteren Order 66-Überlebenden erfahren hatte. Während das Imperium gegen die Wookiees kämpfte, tötete Vader 2 Jedi, verwundete 3, bis nur noch Starstone übrig blieb. Gerade, als er sie töten wollte, erschien Roan Shryne auf der Bidfläche und rettete Starstone vor dem Sith Lord. Starstone floh mit den verwundeten Jedi von Kashyyyk, Vader besiegte Shryne und enthüllte ihm kurz vor dessen Tod, dass er Anakin Skywalker, der Auserwähte, sei. Shryne starb auf Kashyyyk und mehr als 200.000 Wookies, darunter Tarfful, wurden vom Imperium gefangengenommen.
In den folgenden 19 Jahren waren vor allem Vader und die dunklen Jedi, die als Inquisitoren berüchtigt wurden, für die Verfolgung und Vernichtung der restlichen Jedi verantwortlich. Antinnis Tremayne folterte10 Jahre vor der Schlacht um Yavin den Jedi-Meister Darrin Arkanian und dessen Padawan Corvin Shelvay. Er tötete Arkanian, doch Shelvay entkam ihm und verwundete Tremayne im Gesicht. Vader gab ihm den Befehl, Corvin Shelvay zu jagen und zu töten.
Etwa zur gleichen Zeit verließen die Sentinels zum ersten mal Byss, nahmen den Jedi-Meister Ashka Boda gefangen und brachten ihn zu Palpatine auf Coruscant. Dieser folterte und tötete Ashka Bodo und nahm dessen Holocron an sich. Kurz vor der Zerstörung des Todessterns tötet Vader eine dunkle Jedi auf Dargulli, die sich ihm als Schülerin anbot. Mara Jade eine Hand des Imperators, fand die Dunkle Frau im äußeren Rand und Vader tötete auch sie.
Um 1 Jahr vor der Schlacht um Yavin war die systematische Ausrottung der Jedi praktisch vorbei, es gab nur noch eine handvoll überlebende Jedi, die sich auf entlegenen Planeten versteckt hielten. Der Orden selbst war vollkommen zerschlagen, Schriftstücke, Aufzeichnungen und Holocrone waren entweder zerstört, oder im privaten Besitz des Imperators. Die Inquisitoren und das imperiale Sicherheitsbüro hatten alle öffentlichen Aufzeichnungen und Dateien von und über die Jedi gelöscht. Obi-Wan Kenobi war eines der prominentesten und letzten Opfer der großen Säuberung, die von einem Mann, Darth Sidious, begonnen wurde. Als Luke Skywalker nach der Schlacht um Endor einen neuen Jedi Orden gründete, dauerte es Jahre, bis er auch nur winzige Informationen über den alten Orden fand, so effizient waren Palpatine und seine Helfershelfer bei der Ausrottung der Jedi vorgegangen...
Star Wars Episode III - Die Rache der Sith (Film)
Dunkler Lord
Der unsichtbare Feind
Imperium: Hochverrat (Buch nicht in der Datenbank)
Star Wars Episode IV - Eine neue Hoffnung (Film)
Entführung nach Dathomir
Das dunkle Imperium
Palpatines Auge