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Das zweite Imperium entstand nach dem Friedensvertrag zwischen der neuen Republik und dem Rest-Imperium. Einige alte Imperiale waren mit Pellaeons Entscheidung nicht einverstanden, Frieden mit ihrem alten Feind zu schließen, und so gründeten sie kurz nach dem Friedenvertrag das zweite Imperium, eine Splitterorganisation. Dazu gehörten auch 4 Ehrengardisten, die von Admiral Daala als gewöhnliche Sturmtruppen nach dem Ende der ursprünglichen Garde des Imperators in diesen Rang erhoben wurden. Diese 4 Gardisten dienten dem mysteriösen "großen Führer des zweiten Imperiums".
Sicher ist, dass eine der ersten Aktivitäten der Bau der Schattenakademie war. Diese wurde bis zu ihrer Zerstörung von Brakiss geleitet, einem dunklen Jedi und ehemaligem Schüler Luke Skywalkers. Die Hauptaufgabe der Akademie war es, dunkle Jedi auszubilden, eine Aufgabe die sie auch sehr gut erfüllte. Außer Brakiss selbst gab es nur einen weiteren Lehrer an der Akademie, Tamith Kai, eine Nachtschwester von Dathomir.
Der erste offizielle Angriff auf die neue Republik durch das zweite Imperium fand in Form eines Überfalls auf einen Frachttransporter statt, der Adamant, die Hyperraumantriebskerne und Turbolaserbatterien geladen hatte. Der Überfall glückte und Qorl, ein alter Tie-Jäger-Pilot, der den Überfall geleitet hatte, verschwand mit der wertvollen Ware im Hyperraum.
Als Nächstes griff das zweite Imperium Kashyyyk an, die Heimatwelt der mächtigen Wookiees. Einsatzleiter war diesmal Zekk, ein dunkler Jedi und ehemaliger Freund von Jacen und Jaina, bevor er zur dunklen Seite der Macht wechselte. Das zweite Imperium stahl diesesmal Computerteile von Angriffscomputern und Schiffserkennungskodes der neuen Republik und obwohl zwei Nachtschwestern ihr Leben ließen, Garowyn und Vonnda Ra, war auch dieser Einsatz ein voller Erfolg für Brakiss .
Schließlich kam der große Führer des zweiten Imperiums mit seinen 4 Ehrengardisten an Bord der Schattenakademie, und gab Brakiss den Befehl zum Angriff auf die Jedi-Akademie auf Yavin 4. Zu diesem Zweck ließ Brakiss eine riesige Angriffsplattform bauen, von der aus Tamith Kai später die Schlacht befehligen sollte. Der größte Angriff des Zweiten Imperiums sollte allerdings auch gleichzeitig der Letzte sein.
Am Anfang der Schlacht sah es für die Bemühungen des zweite Imperiums noch sehr gut aus. Tie-Jäger bombardierten den großen Tempel, während Sturmtruppen und die dunklen Jedi, angeführt von Zekk, dem dunkelsten Ritter, den Bodenangriff führten. Später wandte sich das Blatt jedoch und als die Verstärkung der neuen Republik eintraf, trafen zeitgleich auch die Sternzerstörer des zweiten Imperiums ein, die unter Anderem mit den gestohlenen Hyperantriebskernen und Turbolaserbatterien ausgestattet waren, die von der Adamant gestohlen worden waren. Eine riesige Schlacht entbrannte im Orbit über Yavin 4, die nur wenige Imperiale überleben sollten.
Auch am Boden verlief die Schlacht ungünstig für das zweite Imperium. Die Angriffsplattform war mit Tamith Kai an Bord zerstört worden, außerdem gab es nur noch wenige dunkle Jedi. Brakiss, zornig über die Tatsache, dass sie verloren hatten, wollte zum angeblich wiederauferstandenen Imperator Palpatine, von dem er bisher jedoch nur Holos gesehen hatte. Nachdem die beiden Leibgardisten des Imperators ihn noch immer nicht zu Palpatine lassen wollten, tötete Brakiss sie ohne große Mühe. Als er schließlich den vollkommen isolierten Raum betrat, in dem sich Palpatine hätte aufhalten sollen, fand er nur eine Computerstation mit einem dritten Leibgardisten vor.
Dann begriff Brakiss: Die 4 falschen Ehrengardisten hatten mit alten Holoaufzeichnungen, die zum Teil noch aus Palpatines Zeit als Senator stammten, der Galaxis und ihm die Rückkehr des Imperators vorgetäuscht. Als der dritte Leibgardist panisch zu seiner Waffe griff, erschlug Brakiss auch diesen. Danach wollte Brakiss nur noch eines: Sich auch beim letzten Gardisten für diese Täuschung rächen. Er verfolgte ihn durch die gesamte Akademie, doch der Gardist konnte mit Brakiss´ Shuttle fliehen. Dort sendete er der Akademie den Code zur Selbstzerstörung. Brakiss ging mitsamt seiner geliebten Schattenakademie unter.
Auch die letzten imperialen Sternzerstörer und Bodentruppen wurden von der Republik besiegt und die verbliebenen dunklen Jedi konnten zurück auf die helle Seite der Macht zurückgeführt werden. Damit war das zweite Imperium restlos besiegt...
Die Hüter der Macht
Akademie der Verdammten
Die Verlorenen
Lichtschwerter
Die Rückkehr des dunklen Ritters
Angriff auf Yavin 4