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Als die Klonkriege ausbrachen, hatte die noch junge Klonarmee keine einheitliche Führung und Struktur. Da eine Verbindung zwischen Armee und dem obersten Kanzler geschaffen werden musste, erklärten sich die Jedi bereit diese Aufgabe zu übernehmen.
Der Jedi-Orden wählte erfahrene Jedi-Ritter aus, welche die Befehlsgewalt über die einzelnen Truppenteile übernahmen.
So gab es zehn Hohe Jedi-Generäle welche das Kommando über die System-Armeen der GAR innehatten. Ihnen unterstanden 20 Jedi-Meister im Rang eines Oberen Jedi-Generals und kommandierten wiederum die 20 Sektor-Armeen der Großen Armee.
Um die 80 Korps der Großen Armee effektiv kommandieren zu können unterstellte man sie einem Jedi der die Soldaten, unterstützt vom Klon-Commander des Korps, in die Schlacht führen sollten. Die 320 Legionen aus denen die Korps bestanden wurden ebenfalls von Jedi angeführt.
Im Verlauf des Krieges starben zahlreiche Jedi-Generäle im Feindfeuer und als Kanzler Palpatine gegen Kriegsende Order 66 erteilte wandten sich die Klonsoldaten gegen ihre Generäle und töteten sie.