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Stratus war ein großer Redner, der sein Volk im Kampf gegen die Republik anführte, und dessen Reden sehr populär unter den separatistischen Mitgliedswelten waren. Stratus hegte von frühester Kindheit an einen Hass gegen die Republik, denn seit Jabiim der Republik beigetreten war, hatte ihnen diese nie gehofen, wenn es nötig gewesen wäre. Weder beim Überfall feindlicher Trandoshaner, noch, als lythianische Piraten viele Jabiim, darunter Stratus´ Eltern, tötete war die Republik zur Stelle. Seit diesem Tag verachtete Stratus die Republik und die Jedi, welche ihnen auch nie zur Hilfe gekommen waren und er wurde ein lokaler Gegner der Republik.
Als kurz nach Ausbruch der Klonkriege ein riesiges Eisenvorkommen im Kern von Jabiim entdeckt wurde, hatte die Republik großes Interesse daran, Jabiim weiterhin als Mitgliedswelt zu halten. Alto Stratus hingegen war bereits in Kontakt mit Count Dooku getreten, um der Konföderation unabhängiger Systeme beizutreten und Handel mit dem Eisen zu betreiben. So begann ein Jahr nach Ausbruch der Klonkriege eine der verheerendsten Schlachten auf dem regennassen Planeten Jabiim.
Nur wenige Jabiim waren der Republik und den Jedi treu geblieben, der Großteil ihres Volkes unterstützte Stratus und die Konföderation.
Stratus kämpfte oft selbst Seite an Seite mit seinen Soldaten, und seinem Nimbus-Kommando, Mitgliedern einer Einheit, die ihm immer zur Seite stand. Als er die Streitmacht der Republik durch harte Kämpfe über Jabiim verstreut hatte, griff Stratus deren "Shelter-Basis" an. Dort überlebte er eine Konfrontation mit Anakin Skywalker. Als das sogenannte "Padawan-Rudel" in einem Minenfeld steckenblieb, griff Stratus erneut an, um soviele Klone und Jedi wie möglich zu töten. Er stieß abermals auf Skywalker, doch eine Explosion beendete ihren Kampf und Stratus wurde von einem seiner Nimbus-Soldaten gerettet.
Schließlich kam es zur Entscheidungsschlacht bei der "Kobalt-Station", wo die letzten Jedi und Klontruppen stationiert waren. Stratus griff mit all seinen Truppen, darunter Killerdroiden, die ihm Dooku persönlich geschickt hatte, die meisterlosen Jedi-Schüler und Klone an. Er kämpfte an vorderster Front gegen die Jedi, bis ihm von Kass Tod ein Bein abgetrennt wurde. Er überlebte dies zwar, doch sollte er nur Augenblicke später sterben. Die Jedi Aubrie Wyn stach ihm 2 Lichtschwerter in die Brust, nachdem Stratus sie zuvor mit einem Blasterschuß tödlich verwundet hatte. Alto Stratus starb auf dem Schlachtfeld, doch die Republik zog sich wenige Stunden später unter Anakin Skywalkers Befehl von Jabiim zurück, und der Planet blieb bis zum Ende der Klonkriege Teil der Konföderation...