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Während der ersten Monate des Krieges war Thire noch ein Leutnant der Klonarmee. Zu dieser Zeit begleitete er, zusammen mit Jek und Rys, Meister Yoda bei einer diplomatischen Mission nach Rugosa. Nachdem ihr Schiff von den Fregatten der KUS angegriffen wurde landeten Yoda und seine Begleiter mit einer Rettungskapsel auf der Planetenoberfläche.
Im Verlauf dieser Mission unterstützen die Klone Meister Yoda im Kampf gegen ein Bataillon Kampfdroiden. Letztendlich konnten Yoda und die Klone die Kampfdroiden zerstören, was König Katuunko überzeugte ein Bündnis mit der Republik einzugehen.
Nachdem Thire zum Commander befördert wurde, beauftrage Palpatine die Shocktrooper mit dem Schutz Coruscants. Zusammen mit Armand Isard, dem Leiter des republikansichen Geheimdienstes, und dem Heimatschutzministerium der Republik, bemühte sich Thire die Verteidigung des Planeten zu zentralisieren und zu verbessern.
Doch insgeheim glaubte Thire dass die Republik einem entschlossenen Angriff auf Coruscant nicht lange standhalten könnte.
Als General Grievous schließlich Coruscant angriff bewahrheiteten sich Thires Befürchtungen. Während im Orbit die Heimatflotte versuchte die Schiffe der Separatisten zu zerstören sollten Thires Truppen und die 501. Legion den Senatsbezirk verteidigen.
Zwar entführten Grievous und seine Magna-Guards den Kanzler, doch die restlichen Kampfdroiden konnten aufgehalten und letztendlich vernichtet werden.
Nachdem Palpatine Order 66 und die Neue Ordnung erklärt hatte kam es in der Senatskammer zum Kampf zwischen Yoda und Palpatine. Als Yoda in die Tiefe stürzte befahl Palpatine Thire und seinen Leuten den Senat nach dem Jedi zu durchsuchen.
Doch die Suche verlief erfolglos, was Thire dem Imperator daraufhin erklärte. Dieser befahl weiterzusuchen während er nach Mustafar flog um dort nach Lord Vader zu sehen...
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