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Zu Beginn hatten alle Soldaten Probleme die Denk- und Handlungsweisen ihrer neuen Teamkameraden zu verstehen und nachzuvollziehen. Während sich Niner, Fi und Darman relativ schnell in ihr neues Squad integrierten, hatte Atin die größten Anpassungsschwierigkeiten. Im Gegensatz zu seinen Teamkameraden wurde er nicht von Kal Skirata ausgebildet, sondern entstammte der Ausbildungskompanie von Walon Vau.
Auf Qiilura sollten die Soldaten einen Nanovirus zerstören der von den Separatisten gezüchtet wurde und speziell gegen Klonkrieger eingesetzt werden sollte. Außerdem sollten sie Doktor Ovolot Qail Uthan gefangen nehmen.
Zu Beginn der Mission wurde Darman von seinen Teamkameraden getrennt und musste sich alleine, zu den vorher festgelegten Treffpunkten, durchschlagen. Dabei traf er auf Etain Tur-Mukan, die ihren Meister verloren hatte und bei den einheimischen Bauern Unterschlupf suchte. Mit Hilfe von Jinart, einem Gurlanin, gelang es Darman seine Teamkameraden zu finden und die Forschungseinrichtung zu lokalisieren.
Während Niner und Fi die Kampfdroiden angriffen, drangen Atin und Darman unterirdisch in die Anlage ein. Die beiden konnten die Wissenschaftlerin gefangen nehmen und sprengten die Anlage in die Luft. Auf dem Weg zum Evakuierungspunkt wurde Atin schwer verletzt und verbrachte anschließend mehrere Wochen im Bacta-Tank.
Später wurde das Team nach Fest geschickt. Dort sollten die Soldaten eine Fabrik zerstören die an einer neuen Metall-Legierung für Kampfdroiden arbeitete.
Nach ihrem Einsatz auf Fest nahm das Omega-Squad an eine Reihe von Verkehrs-Interventions-Missionen teil. Dabei sollten sie feindliche Schiffe entern und nach Informationen durchsuchen.
Bei einer dieser VIS-Missioinen wurde ihr Schiff zerstört und der Pilot getötet. Außerdem waren die Klone auf dem gekaperten Schiff gefangen und hatten nur noch Luft für 20 Minuten. Deswegen beschloss Niner, einen Rot Null zu senden um so schnellstmögliche Rettung zu erbitten. Im letzten Moment kam das Delta-Squad zu Hilfe und konnte das Omega-Squad und deren Geiseln retten.
Nach ihrer erfolgreichen Mission nahmen die Soldaten des Omega-Squads an einer Feier der Coruscant Sicherheitskräfte teil, die CSK wollten sich so für die Unterstützung im Kampf gegen die Terrorzelle bedanken.
Als die Schlacht um Gaftikar begann sollten das Omega-Squad und Teile der 35. Infanteriedivision, eine Kommunikationseinrichtung einnehmen. Die Soldaten trafen dabei auf keinerlei Widerstand und konnten das Gebäude schnell sichern. Kurz darauf wurde das Gebäude von einer Granate getroffen und stürzte teilweise ein. Als sich Darman aus dem Schutt befreien konnte, bemerkte er dass sich Fi nicht mehr bewegte und eilte zu seinem Teamkameraden. Zusammen mit den anderen Verwundeten wurde Fi zur Leveler gebracht. Dort stellten die Med-Droiden ein Schädelhirn-Trauma fest und brachten ihn sofort in einen Bacta-Tank.
Als die Droiden Fi aus dem Bacta Tank holten und ihn untersuchten, erklärten sie ihn für hirntot. Geschockt von der Tatsache wieder einen Bruder zu verlieren, pflegten sie Fi bis zu ihrer Ankunft auf Coruscant.
Dort konnte man Fi in die Obhut von Jaller Obrim überstellen. Außerdem behandelte Bardan Jusik Fi mit Hilfe der Macht um ihn zu heilen.
Offiziell wurde RC-8015 während der Kämpfe auf Gaftikar getötet und sein Name wurde aus der Liste der aktiven Republic Commandos entfernt.
Republic Commando - Feindkontakt
Republic Commando - Triple Zero
Republic Commando - True Colors