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Dem Beispiel der Handelsföderation folgten andere Großunternehmen, wie der Intergalaktische Bankenclan, die Handelsallianz und Handelsgilde, die Technologiedroidenunion und viele andere. Nach dem Ausbruch des Krieges mit der Republik, an dem Gunray einen großen Teil der Schuld trug, da er auf die sofortige Hinrichtung einer ihm verfeindeten Senatorin bestand, bildete die schlagerprobte Armee der Handelsföderation den Kern der KUS-Streitkräfte, besonders die neuen Superkampfdroiden stellten eine große Gefahr für die Klonarmee der Republik dar. Gegen Ende des Krieges fiel der Heimatplanet der Föderation, Cato-Neimoidia, zusammen mit seinen Schwesterplaneten in die Hände der Republik.
Die KUS wurde schließlich zerschlagen, nachdem Count Dooku bereits über Coruscant dem Zorn Anakin Skywalkers ausgeliefert worden war. Die Seperatistenbastionen auf Kashyyyk, Mygeeto, Felucia und Saleucami wurden ebenfalls vernichtet. Mit der Schlacht auf Utapau, der letzten großen Festung der Seperatisten, endeten die Klonkriege quasi, General Grievous wurde vernichtet, womit nur noch die Anführer der einzelnen Handelsorganisationen übrig blieben. Schließlich wurden auch sie Opfer der Dunklen Seite, als Lord Sidious seinen neuen Schüler, Darth Vader auf sie hetzte.
Vader vergnügte sich mit dem Abschlachten der Seperatisten-Führer und hob sich Vizekönig Gunray für den Schluss auf. Gunray und die kriegsmüde Handelsföderation wurden schließlich während eines letzten Gnadengesuchs und einer Kapitulation Opfer von Darth Vaders Rachegelüsten...
Episode I - Die dunkle Bedrohung (Film)
Episode II - Angriff der Klonkrieger (Film)
Episode III - Die Rache der Sith (Film)