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Nachdem Leia ihren Bruder Luke aus den Fängen der dunklen Seite gerettet hatte, wurde Palpatine mitsamt seinem Supersternzerstörer Eclipse vernichtet.
Palpatine kehrte nur wenig später erneut in einem Klon zurück, um die neue Republik mit dem Galaxis-Geschütz endgültig zu vernichten.
Doch dank der Sabotage seines Leibarztes und eines Ehrengardisten, Carnor Jax, war dies sein letzter intakter Klonkörper, da auch das Quellenmaterial seiner Klone zerstört worden war.
Auf den Rat alter Sith-Geister hin versuchte Palpatine, seinen Geist in den neugeborenen Anakin Solo zu transferieren. Sein Versuch scheiterte, und während Palpatines Geist für immer dahinschied, wurden seine Klonlabors durch ein Projektil des Galaxis-Geschützes mit seiner Thronwelt Byss zerstört.
Während seiner Rückkehr war Palpatine in insgesamt 3 verschiedenen Klonkörpern zu sehen, vor der Schlacht um Endor hatte er höchstwahrscheinlich nie einen Klon benutzt...