In den sechs Jahren seit dem Tod des Imperators bei Endor hatte sich die Neue Republik als Verwaltungs- und Militärmacht etablierte. Doch ohne die Jedi-Ritter, die zu Tausenden das Rückrat der Alten Republik gebildet hatten, blieb die politische Konföderation brüchig.
Wenige Tage nach dem Tod von Großadmiral Thrawn schlossen sich die Kommandeure der Imperialen Flotte mit den überlebenden Mitgliedern des Inneren Zirkels des Imperators zusammen und führten einen gewagten Angriff auf Coruscant durch, und das Zentrum der Galaxis fiel erneut unter die Imperiale Herrschaft. Daraufhin begannen die Führer der Neuen Republik einen Guerillakrieg zur Niederwerfung ihres alten Feindes. Doch nachdem die Imperialen die Kontrolle über Coruscant erlangt hatten, versuchte jede Partei auf Kosten der anderen den gesamten Gewinn einzustreichen. Die Neue Republik ergriff die Gelegenheit, säte weitere Zwietracht zwischen den zerstrittenen Imperialen und benutzte die erbeuteten Sternzerstörer zu kurzen Überfällen in die Kampfzone. Während eines solchen Angriffs auf Coruscant stürzte der von Luke Skywalker, Wedge Antilles und Lando Calrissian befehligte Sternzerstörer Liberator ab. Nachdem der Kontakt zu ihnen abgebrochen war, führte Leia Organa Solo gemeinsam mit ihrem Mann und Chewbacca sowie dem Protokolldroiden C-3PO eine Rettungsmission nach Coruscant durch. Die kleinen Solo-Zwillinge Jacen und Jaina wurden zuvor auf eine abgelegene Basis mit dem Kodewort Neu Alderaan gebracht.
Die Gruppe flog mit dem Millennium Falken ins Herz des Kriegsgebiets und stieß bald auf Antilles und Calrissian, die sich verschanzt hatten und um ihr Leben kämpften. Dann marschierte Luke Skywalker inmitten eines Wirbels der Macht auf das Schlachtfeld und besiegte praktisch mit nur einer Hand einen AT-AT Kampfläufer. Skywalker wies seine Kameraden an, sich zurückzuziehen, solange dies noch möglich war, da er eine Zunahme Dunkler Macht spürte, eine böse Kraft, die nach ihm griff und sich unaufhaltsam dem Zentrum des Imperiums näherte. Als sie sich absetzten, sahen sie, wie sich im All ein gewaltiger Strudel auftat, ein kaum kontrollierbarer Machtsturm, der die Trümmer des Schlachtfeldes durch einen Riss im Gefüge des Universums saugte - und auch Luke Skywalker und seinen Astromechdroiden R2-D2 mitnahm. Luke Skywalker landete in einem imperialen Kerkerschiff bei Byss im Herzen des galaktischen Tiefkerns und erfuhr, dass hinter alle dem der wiederauferstandene Imperator steckte, der ihn wie seinen Vater zuvor zur dunklen Seite bekehren wollte.
Der Imperator hatte auf Byss ein Laboratorium erbaut, in der Dutzende frischer, identischer Körper nur darauf warteten, seine Lebensenergie zu beherbergen. Der von uralten Geheimnissen der Sith ins Leben zurückgeholte Palpatine hatte den kleinlichen Streit zwischen seinen Kriegsherrn nur deshalb weiter toben lassen, weil er so in aller Stille seine Streitkräfte aufrüsten und einen gewaltigen schlag gegen alle vorbereiten konnte, die ihm die ewige Gefolgschaft verwehren. Skywalker glaubte das Wissen des Imperators um die Dunkle Seite gegen Palpatine selbst wenden zu können. Er dachte, er würde sich als stärker erweisen und Palpatine auszutricksen und die Dunkle Macht von innen heraus besiegen können - also erklärte er sich zum Übertritt zur dunklen Seite bereit. Die Exil-Regierung der Neuen Republik richtete auf dem abgelegenen fünften Mond von Da Soocha mitten im Hutt Raum die Pinnacle-Basis, einen neuen geheimen Stützpunkt ein. Der wieder auferstandene Imperator, der zunächst abgewartet hatte, bis die Meuterei unter seinen Gefolgsleuten die Auslese getroffen und die Schwächsten aussortiert hatte übte derweil einen Schlag gegen die Wasserwelt Mon Calamari. Palpatines bevorzugte Waffe dabei waren verheerende Maschinen, sogenannte Weltenvernichter, die ausnahmslos alles was ihnen in den Weg kam zerstörte.
Während die Schlacht um Mon Calamari weiterging, schickte der gefangene Skywalker seiner Schwester Leia eine mentale Botschaft, in der er ihr mitteilte, dass sein Schicksal ihn auf die dunkle Seite der Macht geführt hatte und dass er glaubte, damit den einzigen Weg zur Rettung der Galaxis beschritten zu haben. Dann forderte er sie auf, ihm fern zu bleiben. Obwohl sie mit ihrem dritten Kind schwanger war, bat sie Han Solo, mit ihr in den Tiefkern aufzubrechen. Zuerst reisten sie nach Nar Shaddaa, wo sie sich bei Solos ehemaliger Freundin Sala Zend und dessen Schmugglerkumpan Shug Ninx die nötigen Informationen und Ausrüstungen beschafften. Han Solo hoffte, mit der Hilfe dieser Verbündeten in den Stützpunkt des Imperators eindringen zu können. Um ein paar Energie-Kupplungen zu besorgen, machten sich Han und Leia auf den Weg zu Hans alter Wohnung auf Nar Shaddaa. Auf dem Weg dorthin traf Leia eine alte hinfällige Frau, Vima-Da-Boda, eine gefallene Jedi, die ihr ein geheimnisvolles Geschenk gab: ein uraltes Lichtschwert. In Hans Wohnung wartete aber schon ein alter Bekannter auf sie: der tot geglaubte Boba Fett. Sein alter Freund Mako hatte ihn verraten. Zusammen mit Boba Fett und Dash Rengar hatte er auf ihn gewartet, doch Han und Leia gelang es zu entkommen. Sie verließen Nar Shaddaa an Bord von Salla Zends Frachter, der die Genehmigung besaß, militärische Güter in den Tiefkern zu transportieren.
Leia führte die Gruppe mit Hilfe ihrer kaum ausgebildeten Fähigkeiten in der Macht zu Palpatines Zitadelle. Sie wurden gefangen und vor Luke Skywalker geführt, der die neuen imperialen Streitkräfte und sogar die Weltenvernichter befehligte, die Mon Calamari verwüsteten. Doch insgeheim übermittelte er den Weltenvernichter falsche Kommandos und brachte sie so zum Absturz. Skywalker brachte die Gefangenen vor den Imperator, der versuchte, auch Leia auf die Dunkle Seite zu ziehen, indem er sie gegen den eigenen Bruder kämpfen ließ. Doch sie blieb standhaft und weigerte sich. Palpatine zeigte ihr ein altes Artefakt, ein Jedi-Holocron, das die alten Jedi-Meister als Lehrmittel benutzt hatten. Er offenbarte ihr, dass er über Skywalkers Pläne, ihn auszutricksen, bescheid wisse. Die dunklen Machtkräfte würden seinen alternden Körper schon bald wieder verbrennen, deshalb wollte er sein Bewusstsein in das Kind transferieren, dass sie in sich trug. Doch Leia kämpfte gegen den kränkelnden Imperator stahl im das Holocron und floh. Als Salla Zend auftauchte, um sie zu retten, lenkte Skywalker die Wachen ab, um Han Solo, dessen Frau und den anderen zur Flucht zu verhelfen und lud die Codes für die Überlastung der verbliebenen Weltenvernichter in R2-D2s Gedächtnisspeicher, um den Verbänden der Neuen Republik den endgültigen Sieg im Kampf um Mon Calamari zu ermöglichen.
Er selber blieb aber, um den Imperator zu bekämpfen. Ehe der altersschwache Imperator sich mittels seiner Sithkräfte in einen neuen Klon versetzte, marschierte Luke Skywalker in die Laborkammer, zerschmetterte Tank um Tank und zerstörte nahezu sämtliche Wirtskörper des Imperators. Doch bevor Luke seine furchtbare Arbeit vollenden konnte, gelang es dem hinfälligen Palpatine doch noch, sein Bewusstsein in einen der letzten Körper zu transferieren. Der wieder erstarkte Imperator trat Skywalker in einem Zweikampf mit Lichtschwertern entgegen und zwang den jungen Jedi schließlich zur Aufgabe. Als erniedrigter und geschlagener Mann begleitete Skywalker den siegreichen Imperator darauf an Bord seines riesigen Flaggschiffs Eclipse zu dem verborgenen Stützpunkt Pinnacle-Basis.
Palpatine würde alle Rebellen vernichten, wenn Leia Organa Solo nicht an Bord seines Raumschiffs käme. Er hatte vor sie auf die dunkle Seite der Macht zu ziehen, damit sie gegen ihren Bruder kämpfen und dem Imperator ihr ungeborenes Kind versprechen würde, das ihm als neuen Wirtskörper dienen würde. Leia, die keinen anderen Weg sah, wechselte auf Palpatines Schiff. Der Imperator zwang die Geschwister zum Zweikampf, doch es gelang Leia den Bann des Bösen zu brechen und Luke wandte sich gegen den Imperator. Während des Kampfes schuf der Imperator einen gewaltigen Machtsturm, der weitaus mächtiger war als jener, der über Coruscant hinweggefegt war. Doch dieses Mal leisteten Skywalker und seine Schwester mit vereinten Kräften Widerstand und Plapatine vermochte die Mächte, die er entfesselt hatte, nicht mehr zu beherrschen. Während Bruder und Schwester entflohen, verschlang der Machtsturm das gigantische schwarze Schiff, wie auch die sterblichen Überreste des Imperators.
Die Informationen und Bilder stammen aus Star Wars - Die ultimative Chronologie von Heyne und den "Das dunkle Imperium" Comics von Carlsen.