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"Nichts regt sich mehr im Jedi-Tempel auf Coruscant, selbst die Wasser im Saal der 1000 Quellen sind verstummt, in stiller Trauer um die gefallenen Jedi - und jene, die nun verloren sind."
Kreia
Die Erste Jedi-Säuberung ereignete sich einige Zeit nach der Schlacht von Rakata Prime, mit welcher der Jedi-Bürgerkrieg sein Ende fand und führte zur fast vollständigen Ausrottung der Jedi. Auf dem Höhepunkt der Vernichtungswelle wurde der Jedi-Orden aufgelöst, die wenigen Überlebenden wurden zumeist von den Sith ermordet."Gerade etwas mehr als eine Handvoll waren von uns nach dem Jedi-Bügerkrieg noch am Leben, kaum einhundert an der Zahl. Dann begannen selbst diese Hundert zu verschwinden, an Orten, an denen die Macht blind zu sein schien. Das einzige Muster, das wir erkennen konnten, war, daß Jedi verschwanden, wo immer sie zusammenkamen. Beim letzten Jedi-Konklave auf Katarr, wurde die ganze Welt ausgelöscht. Ein ganzes Volk vernichtet, weil die Jedi beschlossen hatten, sich auf seiner Welt zu versammeln. Erst da erkannten wir, daß wir einem Feind gegenüberstanden, der so mächtig war, daß wir nicht wußten, wie wir ihn bekämpfen sollten."
Zez-Kai Ell
Im Jahr 3956 vor der Schlacht von Yavin hatte der Jedi-Orden eine der schwierigsten Perioden seiner langen Geschichte überstanden. Drei Kriege hatten die Galaxis in nur 50 Jahren verheert, zwei davon waren von Mitgliedern des Ordens selbst begonnen worden. Am Ende dieser tödlichen Konflikte war der Orden kaum mehr als ein Schatten seinerselbst, tausende von Jedi-Rittern waren im Großen Sithkrieg, in den Mandalorianischen Kriegen und im Jedi-Bürgerkrieg gefallen, und in den kurzen Zwischenkriegszeiten hatten die Jedi es nicht vermocht, ihre Reihen zu schließen. So siechte der Orden dahin, unfähig, diese hohen Verlustzahlen in so kurzer Zeit zu bewältigen.
Zu den rein personellen Verlusten kamen größere geistige. Die Zerstörung bedeutender Zentren des Lernens, der Forschung und der Ausbildung, darunter die Große Jedibibliothek auf Ossus und die Jedi-Enklave auf Dantooine, hatten Wissen und Weisheit aus Jahrtausenden für alle Zeit vernichtet. Wichtige Holocrone, Aufzeichnungen und Chroniken waren in alle Winde zerstreut oder von plündernden Horden geraubt worden, weite Teile der Jedi-Lehren waren verlorengegangen. Die wenigen Jedi, die diese großen Tragödien ihres Zeitalters überlebten, hatten deshalb nur wenig Erfahrung in der Ausbildung einer neuen Schülergeneration, und ihre Lehrmittel waren stark begrenzt.
Der Jedi-Bürgerkrieg versetzte dem Orden den Todesstoß, nicht, weil viele Jedi auf den Schlachtfeldern blieben, sondern weil die kaum einhundert Überlebenden sämtlicher Illusionen beraubt waren. Viele legten ihr Lichtschwert zur Seite und wandten sich in diesen dunklen Tagen von ihrer Bruderschaft ab, und nur wenige Bürger der Republik trauerten den Jedi nach. Aus ihrer Sicht gab es kaum einen Unterschied zwischen den Jedi und ihren gefallenen Brüdern, und so haßten sie alle Machtnutzer gleichermaßen aus ganzem Herzen. Auch die Jedi selbst begannen, an sich, ihrem Orden und ihrer Philosophie zu zweifeln, auch sie konnten kaum fassen, wie so viele von ihnen in so kurzer Zeit der Dunklen Seite der Macht verfallen konnten. Zu den Zweiflern zählten zuletzt auch Mitglieder des Hohen Rates.
Nach dem Tode Darth Malaks und der Zerstörung der Sternenschmiede war das Sith-Imperium zusammengebrochen. Die meisten von Malaks dunklen Anhängern zerfleischten sich im Ringen um das Erbe des Dunklen Lords der Sith. Doch an geheimen Orten der Macht überlebten Teile von Revans Imperium im Geheimen. Mit der Zeit organisierten sie sich neu und fanden neue Anführer.
Der Jedi-Orden erlebte diesen erneuten Krieg zunächst nur in Form ungeklärter Todesfälle in der ganzen Galaxis. Wo immer Jedi sich versammelten, verschwanden sie und hinterließen seltsame Erschütterungen in der Macht, die nur wenige Angehörige des Hohen Rates erspüren konnten. Zur gleichen Zeit gaben viele Jedi-Wächter ihre Posten auf, verließen den Orden und verschwanden spurlos. Bald schon begannen die Jedi zu vermuten, daß jemand Jagd auf sie machte. Um den geheimnisvollen Feind aufs offene Feld zu locken, rief die Jedi-Meisterin Atris viele der mächtigsten und einflußreichsten Überlebenden zu einem geheimen Konklave auf Katarr zusammen. Sie gab vor, die drohende Gefahr besprechen zu wollen, doch in Wahrheit wollte sie die Jedi als Köder einsetzen.
"Wir sind im Krieg, doch es ist ein Krieg, wie wir ihn nie erlebt haben, denn noch haben sich uns unsere Feinde nicht im offenen Kampf gestellt. Auf eine Weise, die wir nicht erklären können, kann uns unser Feind durch die Macht aufspüren und töten, nur, um sich dann erneut in die Schatten zurückzuziehen. Jede Versammlung von Jedi-Rittern scheint ihn wie ein Leuchtfeuer anzuziehen."
Vrook Lamar
Im Jahre 3951 vor der Schlacht von Yavin waren beinahe alle Jedi getötet worden. In der Republik kamen einige einflußreiche Kreise in dieser Zeit zu der Erkenntnis, daß das Überleben der Republik vom Überleben der Jedi abhängig wäre. Von Telos aus erging deshalb Befehl, eine geheimnisvolle Jedi, die als "Die Verbannte" in die Annalen ihres Ordens eingehen sollte und die von Vielen als Letzte der Jedi betrachtet wurde, in die Republik zurückzubringen. Zur gleichen Zeit wurde auf Telos einem Droiden die Aufgabe einprogrammiert, einen Weg zu finden, um die Republik zu retten. Der Droide versuchte sein Bestes, scheiterte jedoch an seinen eigenen Berechnungen und kam zu dem Schluß, daß es keine Möglichkeit gab, sowohl die Gesetze, als auch den Bestand der Republik sicherzustellen. Auch er erkannte, daß nur mithilfe der Jedi - ob wahrer oder gefallener Jedi war ihm dabei einerlei - ein Überleben der Republik möglich wäre. Doch um Jedi zu finden, brauchte er Ressourcen, die er auf legalem Wege nicht erlangen konnte. Deshalb verließ er Telos und übernahm auf Nar Shaddaa die Kontrolle über die Mafiaorganisation der Tauschhändler. Dann setzte er ein Kopfgeld auf die überlebenden Jedi aus.

Doch wenig später erreichten die Sith, welche die Harbinger angegriffen hatten, das Peragus-System. Kreia, die Verbannte, Atton und T3-M4 entkamen an Bord der Ebon Hawk und setzten Kurs auf Telos IV, den einzigen Planeten, der auf den Navigationskarten von Peragus verzeichnet war. Bei der Flucht durch das Asteroidenfeld von Peragus, eröffneten die Sith das Feuer auf die Ebon Hawk und trafen einige Asteroiden. Der Treibstoff in ihrem Innern exlodierte, und sowohl die Raumstation, als auch die Überreste von Peragus II wurden zerstört, während die Ebon Hawk und die Sith an Bord der Harbinger entkommen konnten.
Nach ihrer Ankunft auf der Citadel-Raumstation, die im Orbit um Telos kreiste, wurde die Besatzung der Ebon Hawk wegen ihrer mutmaßlichen Beteiligung an der Zerstörung der Peragus-Station in Gewahrsam genommen. Zwar ließ man sie bald wieder frei, doch war die Ebon Hawk in der Zwischenzeit samt T3-M4 von einer Dienerin der Jedi-Meisterin Atris gestohlen und in ihre geheime Jedi-Akademie gebracht, die sich in einer alten Zentrale des Bewässerungssystems von Telos in der Polarregion befand. Kreia, Atton und die Verbannte nahmen die Verfolgung auf, gerieten beim Anflug auf Telos jedoch unter Beschuß. Ein Zabrak-Ingenieur namens Bao-Dur rettete sie aus den brennenden Überresten ihrer Raumfähre und half ihnen, die geheime Akademie ausfindig zu machen. Bei ihrer Ankunft wurde die Gruppe erneut abgeschossen, diesmal von drei HK-50-Attentäterdroiden, die noch immer versuchten, GO-TOs Kopfgeld einzutreiben. Zwar gelang es Kreia, Atton und der Verbannten - der arme Bao-Dur hatte beim Aufprall des Schiffes das Bewußtsein verloren - die Droiden zu besiegen, doch wurden sie beim Betreten der Akademie von den Dienerinnen Atris' gefangengenommen. Der Verbannten wurde eine Audienz bei Atris gewährt, in deren Verlauf es zu einer heftigen Diskussion über die Rolle der Verbannten in den Mandalorianischen Kriegen kam. Voller Zorn verwies Atris die Verbannte aus ihrer Akademie.
Als die Ebon Hawk von Telos abhob, enthüllte T3, das es ihm während seiner Gefangenschaft gelungen war, Atris' Datenbank herunterzuladen, darunter eine Aufzeichnung der Ratsverhandlung, bei der die Verbannte verurteilt worden war. Außerdem fanden sich Informationen über den Aufenthaltsort der letzten fünf Jedi-Meister. Die Verbannte wollte den Grund ihres Exils erfahren und die Jedi-Meister gleichzeitig für den Kampf gegen die Sith gewinnen. Nach zahlreichen Abenteuern auf Onderon, Dantooine, Nar Shaddaa und Korriban, kehrte die Verbannte nach Dantooine zurück, wo die Jedi-Meister versprochen hatten, sich in der alten Enklave zu versammeln. Bei diesem Treffen erklärten sie ihr, daß sie die gleichen Techniken wie die Sith-Attentäter anwende und eine Gefahr für die Macht sei, doch bevor sie die Verbannte in der Macht blenden konnten, tauchte Kreia auf und setzte die Jedi-Meister dem gleichen Schmerz aus, den die Verbannte auf Malachor V gespürt hatte und der sie veranlaßt hatte, sich von der Macht abzuwenden.

Doch die Naturgewalten von Malachor V bescherten der Ebon Hawk eine harte Landung, die beinahe einem Absturz gleichkam. Entschlossen kämpfte sich die Verbannte durch Legionen von Sturmbestien, Sithkriegern und Attentätern zur Trayus-Akademie durch, wo sie schließlich auf Darth Sion traf. Nach langem, hartem Kampf gelang es der Verbannten hierbei, Sion zu der Einsicht zu bewegen, daß Kreia ihn nur benutzte und er erst frei sein würde, wenn er seinen Haß aufgäbe. So starb Darth Sion durch die Aufgabe des letzten, was ihn über die langen Jahre hinweg noch am Leben gehalten hatte. Für die Verbannte war der Weg zum Trayus-Kern frei, wo ihre alte Meisterin Darth Traya bereits wartete.

Der Kampf gegen Traya war hart und brutal, doch schließlich unterlag die Meisterin des Verrats ihrer Schülerin. Diese aber verschonte ihr Leben. Bevor Kreia der Macht ihr Leben gab, enthüllte sie der Verbannten Informationen über den Aufenthaltsort Revans in den Unbekannten Regione und das Schicksal ihrer Gefährten und der Planeten, die sie besucht hatte. Wenig später aktivierte Bao-Durs Sonde den Masseschattengenerator, der Malachor V einst zerrissen hatte. Die Mannschaft der Ebon Hawk rettete die Verbannte aus dem Trayus-Kern und floh von der verfluchten Welt.