Es war so dramaturgisch einfach besser: In zwei Kämpfen (Yoda/Sidious, Obi Wan/Anakin) stehen sich jeweils ein Guter und ein Böser gegenüber. Was will man mehr?
Außerdem wäre Obi Wan Yoda meiner Meinung nach keine große Hilfe gewesen:
1) Yoda musste sich ja "anschleichen", was zu zweit und mit einem so großen Menschen wie Obi Wan schwierig geworden wäre.
2) Bei dem Rumgehopse im Senat wäre Obi Wan sicherlich auf keinen grünen Zweig gekommen sondern direkt von Sidious runtergeschleudert worden. Dann hätte Yoda ihm nicht helfen können, da er sich seslbst vollkommen auf Sidious' Machtblitze konzentrieren musste: Ein Zögern, einmal Unaufmerksamkeit hätte den Tod bedeutet.
3) Jemand musste sich um Anakin/Vader "kümmern".
4) Obi Wan hätte nicht durch den Lüftungsschacht gepasst, aus dem Yoda geflohen ist.