Das ist schwer zu erklären. Das Freund-Feind-Bild ist ja klar verteilt: Die Republik ist Gut, die Separatisten sind Böse; natürlich wollten die Separatisten der Korruption durch Sezession ein Ende setzen und ihr eigenes, freies und garantiert korruptionsloses Reich gründen. So weit die Theorie. Aber das sind nicht ihre einzigen Ziele, denn (fast) alle die sich den Separatisten anschließen, sind geldgierig und wollen immer mehr. Und das ist ihr wahres Ziel: Ihren Machtbereich zwecks Geldvermehrung und größerem Einfluss zu vergrößern. Zudem waren die Separatisten keine Waisenknaben: Zahlreiche Planeten, die oftmals auch Neutral waren, wurden im laufe des Krieges von ihnen Unterjocht. Kashyyyk zum Beispiel.
Dazu kommt die über 25 000 jährige Geschichte von Jediorden und Republik. Die KUS muss besiegt werden, da sie die Republik bedroht. Denn wie Count Dooku ja schon in EpII sagte "Wenn wir alle unsere Droidenarmeen zusammenlegen, werden wir die beste Armee in der Galaxis haben. Und dann werden sich die Jedi jeder unserer Forderung beugen müssen!". Denn wenn die KUS gewonnen hätte, wäre vor allem die Ausbeutung verschiedener Planeten die Folge gewesen.